市舶司优先购买外，余下部分是要拿到市场上去销售的，所以要征税。
根据大明朝廷市舶规定：国王、王妃、陪臣等附至货物，抽其十分之五，其余官给之值。暹罗、爪哇（爪哇）二国免抽。其番商私赍货物，入为易市者，舟至水次，悉封藉之，抽其十二，乃听贸易。
就是说，对那些非进贡的物资有两种待遇：属于国王、王妃、陪臣附至的货物，要按50%的税率征税；而商人带来的货物，则按20%的税率抽税。
但是，这些规定在很多时候，完全是一纸具文，并未实行。
洪武四年七月，明太祖谕福建行省，“占城海舶货物，皆免其征，以示怀柔之意”。
同年九月，“户部言高丽、三佛齐入贡。其高丽海舶至大仓，三佛齐海舶至泉州海口，并请征其货。诏：勿征”。
洪武十七年，又“命有司凡海外诸国入贡，有附私货者，悉蠲其税”。
永乐时期，亦仿洪武旧例。
如“永乐元年八月，西洋琐里国王遣使贡，附载胡椒，与民互市，有司请征税。命匆征。又刺泥国回回哈只马哈没、奇刺泥等人入贡，因附载胡椒，与民互市，有司请征其税，亦不听”。
所以，明虽沿前朝市舶司之名，却无抽分之法。
说白了，大明所设的三处市舶司，并不以经济效益为目的。
它的建立，只不过是为了“通夷情，抑奸商，俾法禁有所施，因而消其衅隙也”。
换句话说，它就是明朝变相海禁政策的工具，它的作用是政治大于经济，它的主要任务就是掌管朝贡事务。
所以，有人言及市舶司之用，“贡至，经理之。此外他无事事。”
不过，到了明朝中后期，朝贡贸易日趋衰落，再加上财政出现困难。在正德年间，开始重视市舶司的“番舶抽分”作用，对外洋番商着手征收关税。
隆庆开放海禁后，市舶贸易掀起了一个高峰期。
在新的形势下，因夷人报货不准确，市舶的抽分改为丈抽制。
“番商先报本县申达藩司，令舶提举同县官盘验。”
不过，囿于市舶司官员和属吏的“专业性”不足，市舶税的征收很快又从官府转为牙行所代劳了。
所有外洋番商进入大明港口（广州和月港）后，只能通过牙行的代理，缴纳市舶税，转售所携外洋货物。
也就是说，在大明的通商口岸，牙行掌握了外贸的经营权，他们以舶商代表的身份，巧取豪夺，上下舞弊，以饱私囊。
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