大明将倭国全境纳入大明版图。
经十余年经营，至万历三十八年，朝廷已对这片海外疆域完成系统建制。
依倭岛地形犬牙交错之态，析置六省，各设布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，统归镇守将军节制。
中枢省以本州岛中南部为核心，含原京都、大阪一带，齐鲁城为省治。
此地平原广袤，河网密布，乃倭地政治、经济、文化中心，田赋占倭地六成，驻兵三万，王府护军五千，省名“中枢”，明定其核心地位，境内多设官署、粮仓、军器局，华倭杂居，商贾云集，渐染华夏衣冠礼制。
东海省踞本州岛东北部，含原仙台、青森诸地，省治“定倭城”。
此地多山地，濒临东海，渔盐之利丰饶，且为抵御北方虾夷，也就是北海道原住民要冲，驻兵一万五千，设海防同知专管海事。
省名“东海”，既指其临海之态，亦取“镇护东海、屏障华夏”之意。
南海省辖四国岛全域及本州岛南部沿海诸岛，省治“宁南府”。
岛多丘陵，盛产蔗糖、香料，海岸线曲折多良港，大明商船往来不绝，设市舶司管理外贸。驻兵一万，以安抚土著、缉拿海盗为要。
省名“宁南”，寄寓“南疆安宁、海疆无虞”之愿。
西海省统摄九州岛全部，省治“靖海卫”。
此地民风剽悍，为征倭战争最后顽抗之地，故设卫所密集，驻兵两万，李成梁次子李如柏坐镇。
境内多火山、港湾，盛产硫磺、煤炭，设矿监专管开采，供大明军器制造，省名“西海”，因地处倭岛最西，临黄海，取“靖定西疆、威服海表”之意。
北海省析北海道岛南部及周边诸岛，省治“镇夷城”。
此地气候苦寒，多原始森林，虾夷人散居，大明设“招抚司”安抚，驻兵五千，以屯田、戍边为主。
省名“北海”，直指其地理位置，亦有“镇护北海、开化夷狄”之责。
列岛省，统辖倭岛周边大小岛屿百余座，含琉球群岛北部，省治“望华岛”。
此地孤悬海上，为大明东南海疆至倭地之要冲，设水师营，驻兵八千，战船百艘，专司巡海、护航。
省名“列岛”，因其由众岛组成，寓意“星罗棋布、拱卫华夏”。
六省命名皆循大明建制传统，兼顾倭地地理特征，既彰显华夏正统，又暗合镇抚之意。
行政区划上，省下设府、州、县，废除倭国旧制“国”“郡”，官吏多由大明调任，辅以归附的倭地士族，推行大明律法、科举制度，强制推广汉语
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