随着胡宗宪的解到京师，现在整个京师的官场都关注着此案。
怎么审，谁来审，都是现在朝野关心的问题，内阁肯定是要介入此事，于是在内阁首辅徐阶的组织下，六部、都察院和大理寺齐聚一堂，商量此案怎么办。
首先就是谁来审的问题，刑部、大理寺的意思是由都察院审理此案，这也说得过去，毕竟都察院的职责就是纠劾百司、辩明冤枉、提督各道，而其中的纠劾百司，就是对官员的违法失职行为进行检举和控告，而且此次胡宗宪之所以事发，也是你都察院的巡按御史揭发的，案件交由你都察院的审理，也是应当的。
但是左都御史张永明显然不这么想，胡宗宪一案确实是都察院的巡按御史揭发的，但是胡宗宪位高权重，岂是都察院一家就能够审理的，本着要死一起死的想法，张永明提议圆审，圆审的规格势必三法司会审还要高级一点，由大理寺、刑部、都察院三机关组成三法司，会审重大案件;遇有特大案件，则由三法司会同各部尚书、通政使进行圆审。
张永明这是准备把大家都都拉下马啊，吏部尚书严讷当即拒绝圆审，开什么玩笑，圆审就把大家拉下水了，还好严阁老反应快，严讷当即说道：“首揆，若亭疑谳决,而囚有番异,则改调隔别衙门问拟。二次番异不服,则具奏,会九卿鞫之,谓之圆审。此案不当圆审，不合体例。”
因为圆审，或者叫九卿圆审，是复审制度，按照规定，凡是地方上报的重大疑难案件，罪犯经过二审后仍不服判决者，由三法司长官（刑部尚书、大理寺卿、都御史）会同吏、户、礼、兵、工各部尚书和通政使组成会审机构共同审理，判决结果奏请皇帝审核批准。
而现在胡宗宪一案显然不是复审，所以不能适用圆审制度，而是只能三法司会审，即在审判重大、疑难案件时，由刑部、大理寺和都察院三法司的长官刑部尚书、大理寺卿和左都御史审理本案，这算是大明最高级别的审判班子了。
既然决定了哪些人来审理本案，接下来就是怎么审理本案，御史们弹劾胡宗宪的罪名多了，贪污军饷、滥征赋税、党庇严嵩等等，哪一条都是大罪，怎么审确实是个问题。
大家都看向徐阶，希望徐阶作为首辅，先来确认一下这些事情，徐阶说道：“陛下已有明旨，就审理御史所弹劾的胡宗宪侵吞军饷一事，他皆不问。”
既然如此，内阁就奏请嘉靖三法司会
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