朱载坖随即问阁臣们认为此事应当如何处理，内阁也认为张居正既然督师南京，此案还与华家的逆案有关联，就应该由张居正将本案一并审理。
朱载坖于是同意了内阁的意见，不过朱载坖仔细翻阅了张居正和严绍庭的奏疏之后，说道：“无锡县这个什么东林学舍，朕看是包庇逆党，扇惑人心，令张居正严令地方州府将其铲除，不准再兴建类似的书院。”
朱载坖对于东林这两个字都比较敏感，干脆先下手为强将其铲除，免生后患，同时朱载坖以上谕的形式向张居正下令，严究此案，绝不姑息。同时朱载坖指令张居正与严绍庭、刘忠一道审理本案。
而在南京的张居正此事也承担着巨大的压力，南京都察院的御史们已经准备弹劾张居正，南京六部的官员们纷纷前来请求张居正对这些士子从轻处理，但是张居正根本不为所动。
严绍庭将华家的罪证以及华察解到南京之后，张居正随即下令审理此案，为了表示公正，南京刑部、南京都察院也派人旁听本案，张居正下令将华察解到督师行辕，亲自问讯。
面对严绍庭从华家起获的金砖、军器等物，华察辩解称，金砖是家中下人采购的，自己并不知情，而且金砖的形制与内廷所用并不一样，不能管算作违制，至于军器，则是为防备倭寇而购买打造了。
张居正对于华察的辩解并不认可，张居正认为，金砖乃是内廷所用，无论形制如何，非敕造不准用，只要使用就是违制，这点毋庸置疑，华察的辩解不能成立。
而华家所拥有的军器数量庞大，也远远超过了防备倭寇所需要的限度，何况现在倭寇已经平息，华家还拥有这么多家丁和武器，其心殊不可问。
华察很清楚，张居正就是要办华家，以报之前华家羞辱之仇，华察再次辩解称，无锡紧邻太湖，湖匪甚多，华府造园之事，传遍鹅湖四周，也招来强盗多次抢劫，华父还差点当了人质，于是，华察便组织家兵守卫。这些军器，都是为了保护华家而准备的。
张阁老表示，好家伙，你还豢养私兵，阴图不轨，反心已经昭然若揭了啊！张居正随即以华察擅用上供之物、私藏违禁军器、豢养私兵阴图谋逆三条大罪上奏朱载坖，请求圣裁。
张居正的奏疏还没有到京师，各路御史弹劾张居正的奏疏就已经到了京师，朱载坖对这些奏疏一律不予理会，全部留中不发，对于其中言辞激烈的，还予以调外任、罚
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