除了这些事情之外，最重要的就是张居正在奏疏中陈述的改革赋税的办法，朱载坖看过了，其实已经很接近一条鞭法了，朱载坖当然那很清楚，这种改革确实是有好处的，尤其是配合清丈田亩和清退投献等事，这样的效果但是很明显的。
但是朱载坖担心的还是折色问题，只要折色，百姓肯定会遭受二次盘剥，朱载坖就此事和阁臣们商量起来，折色与否确实是个问题，从朝廷的角度来讲，折色确实是很好的一条路子。因为折色银的运输很方便，而且现在朝廷对于银两的需求也是很大，军饷、官俸等都需要折色支付。
而若是百姓继续缴纳本色，大量的粮食等物在运输途中就损耗了，而且即便是运输到京师，从京师再向九边转运也是很困难的。所以从朝廷的角度，征收折色是很划得来的事情。
但是朱载坖并不这样认为，首先一味的征收折色，对于地主和商人有利，对于普通百姓来说是极为不利的，容易造成谷贱伤农的事情发生，还有一个问题就是京师和九边都需要大量的粮食，尤其是京师，要供养京营和亲军诸卫这数十万大军，首先必不可少的就是粮食，一味征收折色也是造成京通仓储存减少的重要原因。
所以朱载坖认为不能征收折色，至少不能直接向百姓征收折色，防止商人和士绅们联手利用价格来伤害普通百姓，这是朱载坖很清楚的一点这一点不能动摇。
阁臣们经过商量之后，认为只有两种办法，一是直接征收本色，但是这样一来对于朝廷来说损失太大了，毕竟现在朝廷的开支不可能全部以本色支出，大部分都是折色，二就是改折部分，由朝廷出银子在收获的时候在东南出银子收购粮食，稳定粮价，不允许出现谷贱伤农的事情。
朱载坖对于第二个方案表示同意，全部收本色也是不现实的，赋税折银是大趋势，毕竟日后朝廷的主要开支就是以银来支付的，全部征收本色对于朝廷来说是极为不合算的，而且其中也会滋生很多腐败，但是百姓的利益必须得到保证，由朝廷或者内府出面收购粮食，其实就是制定一个最低粮食价格，在粮食收获和缴纳赋税的这个阶段，防止士绅们和商人勾结起来，打压粮价，盘剥百姓。
同时朱载坖还提出了一个新的概念，就是火耗归公，所谓火耗就是地方官府在征收税银的时候，会以耗损为由，多征钱银。但是大明对于这个火耗到底该征多少，并没有一定
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