御史巡按晋、豫两省，查看清丈田亩情况，尤其是北方士绅和王府庄田，都在赵锦等人的监察之下。
同时随着苏松两府的清丈完成，朱载坖应张居正和胡宗宪的奏请，将清丈田亩、清退投献和赋役新政推广到浙直两省。
浙直总督兼提督海关衙门事务大臣胡宗宪也向朱载坖奏称，月港海关已经建成，可以投入使用，朱载坖予以准允正式开关，同时朱载坖还向东南文武和戚继光下旨询问精通水战的将领。
胡宗宪、戚继光、俞大猷联名举荐张元勋，他自幼习武，体魄健壮。15岁中秀才。16岁时，倭寇侵犯台州，父张恺散资聚众，力战阵亡，元勋因此立誓杀万贼以报父仇。17岁袭世职海门卫新河所百户，从谭纶、戚继光征倭，转战浙江，升把总。
戚继光认为他擅长水战，精通水师，是不可多得的水师将领，朱载坖随即任命张元勋为福建水师总兵，将福建全省水师都由他一人统一指挥，同时从内承运库拨银十万两，发南京作为造船经费，补充福建和浙直等处的水师战场。
朱载坖给俞大猷和张元勋的命令就是不仅要守护近海，官军水师还巡守大洋，未来远出捣穴，扫清海盗和倭寇，打击走私，对于走私，朱载坖肯定是要严厉打击的，朱载坖亲自下旨，沿海诸将都要严厉打击走私，发现走私，人即正法，货即没官，将缴获走私货物的一半都赏赐给水师官兵。
同时朱载坖还交代李芳，在今年王直到天津时，和他商量两件事情，一是扩大贸易规模，增加倭国银子和铜料的输入，其次就是希望王直提供东南沿海私港、海盗巢穴的位置、海图，以便官军剿灭曾一本。
王直专注于和朝廷做生意之后，南方海盗的主力就变成了曾一本，这位主要活动在南洋，原在吴平手下,吴平败走后，曾一本开始在潮州、雷州及琼州等多地活动。是个屡降屡叛的老贼，之前汤克宽也曾经招安过他，但是他不到半年就再次反叛，抓走澄海知县，并焚杀潮郡百姓。此后，曾一本开始进入广州、东莞等地活动。
这次朝廷开海，曾一本肯定要借机生事，朱载坖也严令东南诸将，要从严剿除曾一本，打出官军的威严来，对于这些海盗，官军要主动出击，相机进剿。
朱载坖的各项新政渐次展开，都收到了一些效果，但是作为内阁首辅的徐阶反而忧心忡忡，他多次和李春芳、高拱等人表达了自己的忧虑，徐阶认为朱载坖
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