除了关税之外，对于朱载坖来说重要的就是商业税收了，大明也征收商税，主要是通过钞关的形式加以征收的，和之前大宋实行的禁榷制度直通，大明对于商税不甚重视，对于商业的管理也较为粗疏，仅仅是规定了一些基本的原则。
太祖皇帝对商税的祖训也就只有一条，就是：凡商税三十而取一，过者以违令论。
大明的商税是很低的，据马森统计，隆庆二年大明的商税税额是三十七万两，还不及盐税的三分之一。而且大明的商税很多时候是定额商税，之前方钝担任户部尚书的时候就曾经指出过这种定额商税的弊端，方钝认为：“地有盛衰，物有盈歉。而商税之征，率皆定额。是使其或盈也，奸黠得以侵欺;其歉也，良善困于补纳。”
这种定额商税会使得官员有上下其手，结伙贪污的可能性。而对于对于商人来说，也并不公平。因为大明的商税很大程度上是地方官府来征收的，并不在上缴朝廷的起运中，这就给了地方官府以可乘之机。
商税怎么征，征多少，很多时候并不取决于朝廷，而是地方的州县官员们一言而决，商税征的多不多，主要是看地方官府的长官黑不黑了，说大明商税少的，其实是指真正能够进入太仓的商税少，对于商人们来说，他们可并不觉得商税少。
现在的商人，一般分为两大类，一类是从事商品贩运的行商，即所谓的“行资”商人一类是坐地经营的坐贾，即所谓的“居鬻”商人。
对于这两种商人，大明朝廷有不同的办法征收税收，对于行商，大明规定，凡商贾欲贩货于四方者，必先赴所司起关券。所谓关券，就和百姓路引一样，实际上是允许行商贩运商品的营业许可证明。具有营业执照的性质。其上要注明行商的姓名、籍贯、年貌、经营范围、资产状况、贩运地点等。要想取得这个关券，就得向地方州县缴纳一笔钱，至于这个钱有多少，就完全看官吏的良心了。
取得关券的商人，可以贩运商品到异地销售，路途所经钞关需主动申报贩运商品数量，缴纳一定的关税。贩运商品到达销售地，商人并不能径自将商品在市场上销售，而必须按规定将商品存入塌房、官店，交纳塌房税和免牙钱，获得地方官府开给的纳税票据后，方能进入市场交易。
对于行商有严格的课税章程，坐商一样不能幸免。在城镇经营店肆门摊的坐贾，欲定居城镇开店也须向官府申请占籍，
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