除了在辽东设立布按二司和府州县衙门之外，朱载坖还调整了蓟镇和辽东镇的防区建制。
对于辽东镇来说，现在是大明爆发战事可能性最高的地区了，同时面对土蛮和女真的威胁，辽东镇的边防压力无疑是最为沉重的，而且随着王台的老迈，对于女真人的约束力恐怕会越来越低，朱载坖认为，对于朵颜三卫和土蛮，恐怕大明又要准备对土蛮用兵了。
不过这些都是后话了，在经过与提督蓟辽军务戚继光、蓟辽总督兵部尚书汪道昆等人商议之后，朱载坖决定调整了蓟镇与辽东镇的防区，将原属辽东镇的山海关划给蓟镇，而原驻防于此的山海关参将率本部兵马成为辽东镇机兵，同时将辽东总兵从广宁中卫移驻定辽中卫。
吏部很快选出了辽东布按二司和府州县的官员名单，经朱载坖圣裁之后下旨，同时由于辽东布政使司是新设的布政使司，所需要的吏员也参加考选，同时考虑到辽东苦寒，凡是愿意去辽东的，直接授予流外一等吏员，提升辽东吏员的待遇。
而直隶、山东等州府在经过统计之后，也向朱载坖上报了自己辖区内的流民数量，据北直隶上报，直隶诸州县，流民在十万之数，山东要稍微少一些，也有八万之数，在京师也有不少的流民。
于是朱载坖向河南、山东、直隶派出御史，招抚流民，准备正式开始移民。
朱载坖和内阁辅臣、六部堂官，还有辽东的方面之臣，经过商量之后认为，主要还是以大连府为中点，因为辽东半岛上气候温和，是整个辽东最湿润温暖的地方，对于这些的百姓来说相对好适应一些，同时也更加安全，朱载坖在和户部商议之后。
由于今年已经太晚，现在迁移百姓，这些百姓们就会面临辽东的寒冬，这是极为不利的，最好还是等到明年开春之后再动身相对比较合适。
同时朱载坖从内承运库拨银，与太仓一道给辽东的官府和辽东镇，命令辽东镇的官军士卒在今年修建房舍，为这些百姓提供起码的遮身之所，遵化铁厂也要准备相应的农具。
而衣物棉花之内，朱载坖尽管到处搜罗，布匹倒是能够给百姓支给一匹，但是棉花现在确实是不足，在朱载坖动用内库的储存并请在松江的徐阶帮忙之后，勉强能够保证每人二十两棉花。
还要支给百姓一年的口粮和种子，在种子方面，朱载坖主要是令户部准备的玉米和大豆、高粱等作物的种子，辽东现在还不适宜种植
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