自从大明开放海禁之后，无论是朝廷还是民间，对于船只的需求都是极大的，朝廷不仅需要大量的战船，也需要大量的运输船转运各种物资，民间的各种需求也是极为庞大的，百姓需要大量的船只用于贸易，大明之前对于民间造船的禁令已经过时了。
之前大明为了厉行海禁，禁止建造远洋船只，禁止保留超过两根以上桅杆的帆船。违者就要处以极刑，对于现在的大明来说，这显然已经不合适了。
大明现在要发展造船业，而不是限制造船业，故而朱载坖颁布诏书，解禁民间造船，只要向地方官府和当地的水师总兵报备之后，按照船只的大小向朝廷缴纳税银后，就可以在大明的各个港口航行了。
户部经过核算之后，决定以吨位收取税银，一料一两白银，只要向朝廷缴纳税银，就可以领取执照，在大明航行，没有执照的，一旦被大明各巡检司、海关缉私水师拿获，船只没官，首犯徒三年。
而水师各镇、缉私水师，按年拟定所缺少的船只，由朝廷统一安排制造，然后拨付各部使用。朱载坖还逼着户部出银，命令天津造船厂制造七艘两千料西洋战舰，分配给水师各镇，充作水师总兵的旗舰之用。
除了这些之外，朱载坖还调整了沿海的军事长官名号，和九边的提督对应，沿海地区也一样设立提督军务总兵官，但是名号和九边有所不同。
由北到南分别是提督南直隶、山东等处水陆军务事总兵官、提督闽浙水陆军务事总兵官和提督两广水陆军务事总兵官。
其中提督南直隶、山东等处水陆军务事总兵官下辖南直隶总兵、南直隶水师总兵、山东水师总兵三镇。
提督闽浙水陆军务事总兵官下辖福建总兵、浙江总兵、福建水师总兵、浙江水师总兵四镇。
提督两广水陆军务事总兵官下辖广东总兵、广西总兵、广东水师总兵、广西水师总兵。
随后朱载坖下达诏书，任命俞大猷为提督两广水陆军务事，加平蛮前锋将军，汤克宽为提督闽浙水陆军务事，加靖海将军，刘显为提督南直隶等处水陆军务事，加平海将军。
同时升原巡抚福建都御史涂泽民为闽浙总督，朱载坖交给涂泽民一个重任，就是经略夷洲，也就是台湾，之前因为海禁，撤销澎湖巡检司，并且将台湾的居民迁回大陆，嘉靖四十二年，考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。
朱载坖认为夷洲孤悬海外，若大明不加以控制，恐怕外
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