朱载坖在和内阁辅臣们还有三法司官员们商量之后，决定重点收拾几种情况的官员，一是擅自增加火耗、羡余，残害百姓的官员，二是收受财物，枉法判案，草菅人命的官员。
三是侵吞国帑、军饷，损公肥私的官员，四是官商勾结，祸乱地方和朝廷法度的官员。对于这些官员和向他们行贿的不法商人、士绅，朱载坖都要求法司予以严惩。
朱载坖对刑部尚书赵文华、大理寺卿赵贞吉和左都御史葛守礼说道：“法司不要杀人，按大明律予以处断就行，定案一起，报朕勾决一起，就处决一起的人犯，朕看他们还敢不敢伸手了！”
同时针对朱载坖最担心的军饷问题，朱载坖以密诏令九边的提督、总兵用密疏向朱载坖检举在军饷粮秣转运过程中的贪墨问题，尤其是大明的顽疾，漂没，朱载坖之前已经再三谕令户部及户部驻九边的管粮郎中、主事，朝廷要求转运的银两、粮秣都是实到之数，如果再有漂没这种陋规被朱载坖发现，朱载坖就要以侵吞国帑从重治罪。
朱载坖在密旨中说明，如果是因为户部解运的军饷粮秣不足，九边将官及时检举，朱载坖不会加罪，但是由于九边将官不检举，而导致军士逃亡，甚至士卒哗变的，朱载坖就以同谋将九边将官们一道治罪。
朱载坖还下诏，令被巡视的衙门和地方主官，各自自查，若有贪墨情弊等，及时处断，朱载坖不会追究堂官正印的责任，但是若是被科道所查出来了，那就要照朝廷制度追究正印的责任了。
朱载坖还亲自召见了要到科道去任职的翰林院官员，并为之设宴壮行，朱载坖执杯说道：“诸位都是翰苑菁华，朝廷储相，朕将朝廷兴利除弊之大事，交付与诸位了！”
朱载坖满饮一杯之后，下令给这些翰苑官员赐酒，以壮行色。
第二天，留在京师的翰林官们就分赴各衙门巡察去了，而出任地方巡按的翰林官们也在锦衣卫的护卫下奔赴地方。
朱载坖对于他们报以厚望，希望他们能够得到历练，成为之后朝廷的梁栋之材，朱载坖还在和阁臣们打赌，谁能够第一个向朱载坖上弹章，李春芳认为是王锡爵，因为李春芳对于王锡爵还算了解，王锡爵本身就是刚烈正直，不阿权贵的个性，这次又是被朱载坖派到了户部这样一个要害衙门，应该是很快能够出成果的。
但是没想到第一个向朱载坖上弹章的事刑科都给事中申时行，而且他上来就是直接弹
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