在朱载坖的谋划当中，练兵处主要负责对军队的日常训练等事务，还有新组建的各种有关军事的学堂，军器、兵工还有造船等行业，而更加重要的是军务处，这是朱载坖准备重新整顿大明官军指挥系统的开始。
朱载坖认为，大明对土蛮用兵是绝密之事，为了保证军情传递顺利和消息不泄露，朱载坖设立军务处，在武英殿办公，任命内阁辅臣、五军都督府左都督、勋臣中的知兵之臣、兵部、户部、礼部、理藩院、太仆寺等相关衙门的堂官为参赞军务大臣，有关对土蛮用兵的事情，直接在军务处讨论，任命首辅高拱为领班军务大臣兼会办军务处，英国公张溶、萝川侯马芳、顺宁侯俞大猷、哈密伯李成梁为协办军务大臣，负责处理练兵军务处的日常事务。
同时有关土蛮的各种密报、情报、奏疏也不通过通政司奏进，而是直接由五军都督府接受这些奏疏，在直接向朱载坖呈递，避免消息走漏。
而军务处的运行模式也和一般的他们不同，平时由五军都督府的都督们办公值守，负责为内阁、朱载坖提供军务方面的建议，遇有和土蛮有关的事情，就召开军务大臣会议，由会办、协办大臣主持，所有的军务大臣参与，商讨方案之后上奏朱载坖，由朱载坖御批执行即可。
虽然朱载坖说的好听，这是因为要对土蛮大规模用兵，才临时设立的机构，但是汪道昆很清楚，一旦这个练兵军务处成立之后，就不会是一个临时机构了，即便是土蛮的战事结束后，朱载坖也绝不会撤销这个机构的，汪道昆很清楚，朱载坖就是要用这个机构将原本属于兵部和内阁的指挥权全部上收，由这个所谓的练兵军务处负责。
当然朱载坖也深知，还是要安抚一下兵部的，兵部对于后勤、马政还有武官推选的权力仍旧不便，尤其是对于军政的管理，仍旧是兵部的大权，同时对于全国的驿站，兵部也仍旧管理，朝廷还会加大投入，增加驿站和马匹，还有道路的规划兴建，兵部也有权力向工部提出建议。
在朱载坖的规划中，兵部将逐渐变成一个军政机关，主要负责后勤的筹措、武官的任用与考选、马政、军工、军器的管理，兵员的招募与清退、地图的测绘印制等事项，这些事务都将由兵部负责，但是涉及到军令指挥，则与兵部无关，在地方有提督、总兵为前敌指挥员，在朝廷有五军都督府和练兵军务处直接对朱载坖负责，即便是内阁、兵
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