这么简单，水师要承担起为大明拱卫海疆，御敌于国门之外的重任。
但是朱载坖将自己的想法说了之后，不管是内阁还是参赞军务大臣都认为水师单独成军似有不妥，但是现在水师的指挥方式确实是有问题的，水师在海上作战，应该以海域作为水师的信地，但是现在大明水师的防区还是以大明的行政区划作为防区划分的依据，这点不仅是朱载坖，俞大猷等人也认为这样不若。
水师应当横行于海上，而不是缩在港口搞什么避战保船，朝廷制造战船、训练水师，就是为了决胜负于海上的，朱载坖和俞大猷等人商量之后，认为水师的指挥体系应该予以理顺。
朱载坖召集所有的参赞军务大臣们，商量水师的指挥问题，水师的主要任务包括两个，第一是保卫大明的沿海不受侵犯，第二就是远出重洋，在大洋上击败敌国的水师，进而控制海域，切断敌国的海上交通，甚至攻击其港口。
所以水师不可避免的要分为近岸水师和远洋水师，近岸水师主要装备中小型的战舰，还有沿岸的各处炮台，都归属于近岸水师管辖，近岸水师和陆师的联系是很深的，朱载坖和参赞军务大臣们商量之后认为，这部分水师仍旧由各提督军务总兵官指挥是合适的，他们的作战目的主要是防御性质的，保卫大明的海岸线和近海防御。
但是远洋水师则不同了，远洋水师本就是进攻性的，将他们束缚在陆地是不合适的，朱载坖认为应当组建三支远洋水师舰队，北洋水师，负责山东、北直隶、辽东远海的防御，提督驻节天津，于大连、登州设置南北两协，主要的作战对象是倭国。
东海水师，负责南直隶、浙江、福建三省的远海防御，提督驻节宁波，于松江、厦门设置南北两协，主要的作战任务是遮蔽东南，严防倭国、西夷袭扰大明的东南。
南洋水师，负责广东、广西、缅甸三省的远海防御，提督驻节广州，于仰光、琼州设置南北两协，主要是防备西夷对大明的窥视，同时经略南洋。
远洋水师装备的战船，最少也要一千料以上，主要装备各种大型战舰，是真正争雄于海上的劲旅，朱载坖任命俞咨皋为南洋水师提督，汤克宽为东洋水师提督，陈璘为北洋水师提督，三部远洋水师，直接受练兵军务处的指挥，有战事直接向练兵军务处汇报，至于员额、军器、船只等，仍然由兵部负责。
朱载坖对于军务的种种调整措施，经由
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