载坖以诏令的形式废除了家丁，但是并不意味着主将的权威会被削弱。
朱载坖在诏书中专门强调：“各镇、营中军，专系护卫将帅，维持纲纪，凡军中有不同号令、哗变生事者，中军即行严惩，若有失职情状，必交卫尉寺严惩。”
朱载坖的诏书下达之后，各镇的反应不一，如戚继光麾下蓟辽大宁等镇，戚继光本人就不喜欢养家丁，所以对于诏书自然是严格执行的，但是宣大山西等处，早就形成了豢养家丁的习惯，现在朝廷要求取消家丁，自然是引起了这些总兵、提督们的不满。
他们认为宣大正面当敌，面对俺答本部，必须要用家丁这样的精锐的武装，才能够对付蒙古人的骑兵，但是在总督曹邦辅的严令之下，各镇还是将家丁编为中军，对于宣大的情况，朱载坖也是很清楚的，所以朱载坖特地派遣在宣大威名素著的马芳为钦差，前往宣大处置此事。
随同马芳一起赶赴宣大的还有大批的锦衣校尉和千户、百户，马芳抵达阳和之后，首先拜见了总督曹邦辅，出示了朱载坖密旨，在曹邦辅的协助下，马芳首先对宣大、山西三镇的中军进行了调动，随后三位锦衣千户充任的镇抚官兼任三镇中军管带，锦衣百户们充任各营镇抚兼中军管带，锦衣校尉们也分赴各镇各营，在曹邦辅和马芳的弹压之下，宣大山西三镇的家丁顺利的被编入中军之中。
对于朝廷的做法，不少将领是颇为微词的，甚至认为马芳这个老长官也不帮着他们说话了，对此马芳的回复很简单：“老夫的家丁都已经编入三千营了，尔等尚待何言？所谓家丁，皆是朝廷粮饷所养的，尔等何得驾驭？”
不仅仅是要将现有的家丁予以收归朝廷，同时还要保证不再出现新的家丁，根据马芳等人的建议，中军镇抚最大的作用就是核实军籍，如果镇抚官不能核实军籍，被清军御史发觉的话，朱载坖规定一律送锦衣都司南镇抚司审断。
对于一般人来说，最可怕的无疑是锦衣都司的北镇抚司和诏狱了，但是对于这些飞鱼们来说，南镇抚司比之北镇抚司可怕多了，南镇抚司是锦衣亲军执行家法的地方，诏狱尚且有幸运儿，南司可没有。
朱载坖就是要用这些锦衣亲军监视边镇的大将们，不准他们再豢养家丁，朱载坖在诏书中明确说道：“先年家丁盛行，士卒苦之，以军士之马供家丁骑乘，以军士之身供家丁役使，以军士之粮饷作家丁养赡，是得二
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