朱载坖对于王祖嫡的上疏显然是极为愤怒的，对于朱载坖来说，王祖嫡这种上疏当然是要严厉惩处的，在朱载坖要求在京师的大臣们批驳王祖嫡的奏疏之后，随后朱载坖就要求议罪了。
海瑞连上三疏，要求将王祖嫡下三法司，朱载坖当然明白海瑞的意思，随后就同意了海瑞的的申请，将王祖嫡收系于都察院狱，海瑞随后上疏，要求三法司会审王祖嫡，议罪判处。
海瑞的意思是尽快的将此事按下去，免得此事继续发酵，海瑞当然是一片诚心，不过朱载坖显然是要借机大做文章的，就是要打击这些对建文君臣仍然抱有同情的人，朱载坖知道现在士林之中很有一股同情建文君臣的风潮，甚至试图为建文君臣翻案。
他们主要是仁宗当年一道上谕，仁宗当时主要是认为建文逆犯都已经伏法，所有的正犯都正法了，现在时过境迁，仍然有大量的人被牵连流放，这些人中很多并没有参与齐泰、黄子澄等逆犯的谋逆行为，仁宗认为将这些人仍旧流放，实在是过于残酷了，所以下了一道诏书，要求加恩于他们。
仁宗的诏书原文是：“朕闻建文奸臣齐、黄等外亲全家谪戍边者，有田在乡悉荒废。令兵部每家存一丁于戍所，余放归为民。”
同时仁宗也专门解释过自己为什么这么做，仁宗认为，建文朝的‘奸臣’正犯早就给杀光了，其女家眷们被弄到教坊司去做妓女，男性被发配给军中功臣武将当奴隶，好多人都被折磨而死，现在要是还有存活下来的，朕登基即位诏中已经宣布大赦天下了，他们也应该被赦免宽宥。
所以本质是仁宗的诏书是赦罪而非翻案诏书，但是却被某些别有用心的人宣传为翻案，并且以此为由大肆宣传所谓仁宗为建文旧臣翻案，其实用脑子想想就知道，仁宗可是亲身参与靖难之役的人，怎么可能为齐泰、黄子澄等人翻案，只不过时过境迁，当年的那些罪臣早就被成祖处置干净了。
到了仁宗时，剩下的不过是旁系后辈，根本掀不起什么大浪来了，所以仁宗才予以赦免的，朱载坖认为现在还打着什么仁宗为方孝孺后代翻案的说法，那就是矫诏，对仁宗本意的曲解，要予以严惩。
朱载坖并没有立即处置王祖嫡，只是令三法司会审王祖嫡，看他们审出个什么东西，而朱载坖则是与内阁、礼部、翰林院商议，加强对于大明出版的管理，礼部要设立专门衙门，与地方官府一道，负责对于出版
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