在河套以宁夏诸卫为骨干，新设立宁夏都司，同时向关西七卫编入陕西行都司，将原陕西行都司改为甘肃都司，沿大明九边共设立九个都司，负责防御和充实边关，为镇协官军提供兵员，在战时协助转运军需等事情，减少朝廷临时征发民夫的行为，同时保留一部分现役军队，负责守卫边防线，还有就是在农闲时组织军余子弟进行训练，保证预备役部队有一点的战斗力。
而在内地进行的镇协体制改革主要是在南直隶和湖广，这两个地方都是地域广大，而且对于大明来说十分重要的地方，南直隶就不说了，大明的龙兴之地，留都所在，更是大明的经济重心，朝廷的财政支柱，而湖广则是大明的粮仓，这两地都是要害所在，必须加以重兵屯驻，以防不测，仅仅一镇官军是不够的。
而且朱载坖是准备以军推民，先分设军镇，然后在推动析分南直隶和湖广两个大省，朱载坖在和练兵军务处商量后，决定在南直隶设立两镇，即南京镇和安徽镇，南京镇负责应天府、镇江府、常州府、苏州府、松江府、扬州府、淮安府、南通州的防务，而安徽镇则负责安庆府、徽州府等南直隶其他州府的防务。
而在湖广则设立武昌镇和长沙镇两镇，分别负责湖南、湖北的防务。
不仅仅对于北部边防要予以重视，对于大明的西南，尤其是缅甸也是朱载坖关心的，随着李时珍在当地建立了较为完备的医疗体系，同时朝廷对于当地的河道整治也有了一定的效果，应中南总督南京兵部尚书殷正茂的请求，朱载坖决定再次向缅甸移民，招募云贵、广西、福建等省的无地百姓，发给种子、农业、安家银两等，迁移到缅甸去，开发缅甸土地。
同时增加缅甸的卫所，防备西夷和安南，将缅甸的卫所增加到十二个，同时设立安南镇和缅甸镇两镇，加上缅甸水师，缅甸一共有三镇官军，不过缅甸的官军配置和北方不同，骑兵较少，步兵增加，火器的比例更高。
除了这些事情之后，就是高拱在河南考察藩王土地的奏疏，高拱经过一年的走访，了解了河南的相关情况，尤其是藩王们的土地情况等之后，向朱载坖上疏，请求对藩王们的土地进行赎买，由内承运库支给藩王们一笔银子，将藩王们手中的土地予以收缴，分配给现在耕种的百姓们，同时照朝廷税率起科。
除了朝廷给藩王们的一笔赎买银子之外，藩王按照等级直接由朝廷支付相应
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