上的这帮臣子之后，对于东南的地方官员也予以了严厉的训斥，朱载坖认为他们因循苟且，袒护奸党，致令漕渠酿祸，尔等能安坐于堂上乎？若再姑息奸党，尔等首领不保也！
朱载坖的严厉训斥使得这些官员们也赶紧把头缩回去了，他们很清楚朱载坖警告可不是开玩笑，那是真的要杀人的，而朱载坖也随即发布诏令，以南京守备丰城侯李儒佥书南京中军都督府，提督浙直水陆军务事，领靖逆将军印，同时赐钦差浙直观察使严世蕃令箭符节，准予节制浙直官军，令丰城侯李儒也暂归严世蕃节制。
这下天下的臣子们只要不瞎不傻，也都明白了朱载坖的意思，朱载坖也明摆着要对这些东南豪强们动手了，朱载坖的上谕抵达南京的当日，领受上谕的钦差浙直观察使严世蕃当即来到南京中军都督府守备官厅，命令南京守备、靖逆将军丰城侯李儒擂鼓聚将。
严世蕃当即出示了朱载坖赐予的令箭符节，由都督府断事官查验无误之后，严世蕃命令李儒调动浙直两省的官军，接管各府州县城防，在锦衣亲军的带领下抓捕各处的人犯，同时抄没其家产，然后命令浙直两省水师以及操江水师暂时中断长江和各处江防要道的航运，除了和朝廷联系的驿船之外，其他所有传旨不得通行。
随后严世蕃以钦差浙直观察使的名义行文浙直总督杨继盛、南直隶巡抚蔡国熙和浙江巡抚、漕运总督、漕运总兵等官员，以王命旗牌命令他们调动驻扎于浙直的卫所官军和巡检司，于各处交通要道设卡，不准放跑一名人犯，同时各地方官府会同锦衣亲军查抄人犯家产，等待朝廷接收。
随后严世蕃就向朝廷奏明，天妃闸覆船与徐州水次仓失火两岸，均系东南地方豪强盗卖漕粮之后，为了防止事情败露，而勾结漕帮、以及漕运、仓场贪官污吏们一起制造的惊天大案，同时幸赖朱载坖天威，在钦差观察使严世蕃的指挥下，劳堪、张学颜、刘守有等诸臣用命，将彼等奸谋揭发。
严世蕃向朱载坖上疏陈奏东南豪强盗卖漕粮、擅自加耗，荼毒百姓、利用漕船夹带货物，逃避朝廷税收、与漕帮、盐政漕运官吏勾结，贩卖私盐、私藏军器，豢养家丁私兵、暗结匪类，阴图不轨等事，指控这些豪强们犯有奸党、谋逆等大罪六款，小罪十七款，而东南的州县官吏、漕运官吏、盐政官吏也都有与之同谋的，被严世蕃一道参劾，现在各人犯已经就擒，严世
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