除了此事之外，朱载坖还要做的就是对于总督和巡抚辖区以及权力分配的问题，不过在做这个事情之前，朱载坖首先要处理的是北方了行政区划问题，之前朝廷在宁夏和河套地区，只有都司卫所，并没有设立相应的地方管理机构，这样就不利于朝廷开展移民实边的行动。
朱载坖和内阁、练兵军务处、吏部、兵部、五军都督府等衙门会商之后，决定将原来的陕西行都司予以拆分，对于原来的陕西行都司，部分卫所划归宁夏，新成立宁夏都司，同时设立宁夏布政使司，加司农少卿徐贞明为右佥都御史巡抚宁夏，同时负责对于河套的开发。
而剩余的卫所则和兰州的府县新成立甘肃都司和甘肃布政使司，加强朝廷对于西北的控制，同时为肃清海虏做好准备，朱载坖准备下一步就是收拾这些海虏。
除此之外就是湖广的问题，朱载坖为此专门召集重臣，商量此事，朱载坖召集内阁辅臣和吏部、户部的堂官，商量对于湖广进行分治的事情，单独作为一个省的湖广，确实是过于大，现在的湖广，辖有勋阳府、德安府、黄州府、汉阳府、承天府、武昌府、施州卫、荆州府、岳州府、常德府、长沙府、辰州府、宝庆府、永州府、衡州府、郴州、靖州，比之南直隶地域更大，而且辖区内情况复杂。
湖广的勋阳府，是有大量北方来的流民，湖广的南部，则是有大量的土司，仅仅依靠一个巡抚，是显然无法处理这些事情，所以朱载坖在和重臣们商量了之后决定，以洞庭湖为界，将湖广析分。
湖广的北部勋阳府、襄阳府、德安府、黄州府、荆州府、承天府、汉阳府、武昌府和施州卫析分设置湖北布政使司，同时设立湖北总兵即原来的武昌镇。
而洞庭湖的南部岳州府、常德府、长沙府、辰州府、宝庆府、永州府、衡州府、靖州、郴州和保靖州宣慰司析分设置湖南布政使司，同时将原本的长沙镇改称湖南总兵，同时设立相关的按察使司等衙门，对于朱载坖来说，湖南湖北两个省要采取不同的管理办法。
对于湖北来说，交通方便，而且与南直隶相邻，重点开发江汉平原，将江汉平原变成朝廷的粮仓，同时利用长江水道的运输能力，转运粮食。
而湖南则是主要以安定地方，与江西等地加强联系为主，朝廷的重点当然是在湖北，尤其是江汉平原，所以朱载坖要内阁严令湖广总督劳堪，在湖广，尤其是湖北厉行清丈
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