对于朱载坖的想法，重臣们是很明白的，五军都督府现在本来就是空架子，即便是朱载坖想要恢复五军都督府的各项职权，也是不太现实的。
而且现在朝廷所倚仗野战的军队，已经不是卫所官军，而是朝廷的镇协官军了，虽然大部分的镇协官军军士都是从卫所中抽调来的，但是卫所现在主要承担的也就是二线任务了，而作为主要管理卫所的五军都督府，其职权也肯定会相应的降低。
对于五军都督府的职权，朱载坖在和重臣们商量之后认为，五军都督府主要负责卫所军士的勾选，保障卫所人数齐全，班操京军的调动和训练，还有各都司的常备军士的选取，卫所士卒和军余子弟在农闲时候的军事训练，以及卫所世袭军官的承袭考选等事情上，总的来说，就是将五军都督的职权范围加以部分恢复，但是即便是恢复之后的五军都督府职权，也仅限于对于卫所的管理，野战官军的管理权仍旧在练兵军务处手中。
实际就是朱载坖通过练兵军务处将官军的指挥权牢牢的控制在自己手中，然后用兵部和五军都督府制衡练兵军务处，兵部执掌军政，同时对官军有清军大权，还有保障后勤和供应军器弹药的权力，官军装备的火器数量庞大，而兵部控制了军器和后勤，没有足够用军器和弹药，就足够控制官军了。
而且朱载坖本人手中也直接掌握着亲军诸卫和御马监禁兵这两支强大的武装，保证皇帝对于军权的绝对控制。
既然兵部和五军都督府都做了相应的改革，练兵军务处肯定是也要做相应的改革了，之前朱载坖就决定将兵部职方司予以撤销，在练兵军务处下设参谋、军务二司，同时练兵军务处作为大明的军令机关，肯定是要加以改革的。
朱载坖决定，将原水师衙门也一道划归练兵军务处下管理，同时完善练兵和军务两处，练兵处下设武学、辎重、军备、编制、动员各司，分别负责官军的军事教育、后勤给养、装备保障、编制军籍等事项。
而在军务处下设参谋、侦察、机要、军令和辎工马步炮与水师等督练司，负责统筹战事，下达军令，组织军事训练，检查战备等事项。
练兵军务处所管理的，主要是大明的镇协野战官军和水师，也是大明的常备军，是大明征战的主力部队，对于这些部队的调动、指挥和日常训练的组织，都要由练兵军务处负责，这些官军的调动，必须要皇帝本人的命令才行，决不允许越俎代庖，实
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