在外放这些翰林官之后，朝廷还从符合条件的地方和各部院寺监官员中考选了一批翰林官，充任庶吉士，在翰林院学习之后准备外放。
然后就是对六部堂官的调整，原任户部尚书鄢懋卿以老病请辞，朱载坖予以准允，加鄢懋卿太子太保、光禄大夫，赐驰驿遣锦衣校尉护送回乡，朱载坖任命王国光为户部尚书，杨俊民以户部左侍郎总理盐政，张学颜加户部尚书衔总督仓场兼司农寺卿，原任南京户部尚书宋纁为提督税务总署，原任右都御史梁梦龙升户部尚书提督海关总署。
朱载坖对于礼部尚书陆树声早就极为不满了，之前因为谭纶的事情，朱载坖就对他比较反感，所以这次鄢懋卿致仕，朱载坖借机将陆树声予以罢免，选任原南京礼部左侍郎徐学谟为礼部尚书。
同时调原提督流外铨选院吏部左侍郎陆光祖回部管事，以原南京右都御史杨巍为吏部左侍郎提督流外铨选院。
宣大总督郑洛调刑部尚书提督巡检总署，原兵部左侍郎吴兑加兵部尚书衔总督宣大。
除了六部之外，还有就是阁臣的选任，原任武英殿大学士陈以勤、文渊阁大学士吕调阳，以老病请辞，朱载坖都予以准允，加恩于他们的子孙，尤其是陈以勤之子陈于陛，加翰林学士，兼任国史副总裁，继续其父修史之事。
这样一来内阁的人手就不足了，虽然张居正很想当铁人，但是现在内阁只有三个人，张居正、张四维、潘晟，张四维还出镇南京，实际上只有两人办公，内阁显然是吃不消的，张居正之前就上疏请求增补阁臣，朱载坖也予以同意了，朱载坖下旨，原翰林学士、右副都御史巡抚顺天申时行，改任礼部左侍郎、东阁大学士，入阁预机务。
但是张居正还是认为内阁缺人，现在内阁干活的只有三个人，朱载坖一旦东巡的话，就只剩下两个人干活，张居正认为最少还是要增补一名阁臣才行。
朱载坖于是下令廷推，廷推礼部左侍郎于慎行和吏部右侍郎余有丁两人，朱载坖最后圈定余有丁入阁，朱载坖选择余有丁是有深意的，现在内阁五个人，张四维虽然是次辅，但是出镇南京，实际在内阁干活的就四个，张居正和他的死党潘晟，再加上新入阁的两个同科，嘉靖四十一年的状元申时行和探花余有丁，不仅仅是新老搭配，更是一种权力制衡。
朱载坖信重张居正，要维护他的首辅尊严，但是作为皇帝，同样要在内阁当然安排自己的
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