而在礼部，经过礼部尚书徐学谟等人于索南加措的谈判，大明和格鲁派终于算是达成了协议，大明册封索南加措为向化法王，将靠近乌斯藏的一些地方直接赐予向化法王，由法王进行管理，作为回报，索南加措会帮助朝廷安定青海，同时不管是活佛还是法王，都必须经过朝廷的册封才能够得以继承。
对于格鲁派的势力，朝廷也做了一定程度的限制，在非向化法王辖地内，格鲁派寺院不得超过三百僧人，不准私藏武器，不准干涉地方行政，不准私藏朝廷通缉的逃犯等，在这些地方仍旧实行度牒制度，要想出家也需要法王考核同意之后报请礼部僧录司发给度牒才行。
同时经过吏部兵部的商议，在西宁卫设置西宁府，同时重设西宁兵备，调广东按察副使赵可怀为西宁知府兼西宁兵备道，负责西宁地区的防务，同时在青海建立官府，由太地方官府，与当地的牧民的确定相关的赋税征收等事项，同时青海最大的意义就是为朝廷提供优良的战马，由太仆寺划定官马场，雇佣当地的牧民为朝廷牧养战马。
同时太仆寺还要直接在青海收购战马，用茶叶、布匹瓷器等与当地的牧民交换马匹，朝廷要在青海屯驻重兵，尤其是骑兵，朱载坖命令五军都督府设立青海都司，同时设立青海镇，在青海镇，主要以骑兵为主，一来是利用骑兵机动力来弹压青海的反抗力量，还有利用青海的地形和马匹训练骑兵，在青海维持一支强大的战略预备队。
按照朱载坖的规划，朝廷以青海、河套和大宁辽河套为三个主要的马场，同时训练骑兵，在青海、宁夏、大宁、辽东维持一支庞大而有战斗力的骑兵部队，作为朝廷的战略预备队使用。
青海的骑兵主要用于安定青海，在经略西藏时将会发挥主要的作用，同时策应对于西域的经略，而屯驻在宁夏、甘肃的骑兵，则是负责隔断蒙古和青海、西藏的联系，准备用于经略西域。
而大宁、辽东的骑兵则是用于拱卫京师，震慑蒙古人，三支战略预备队各有的用处，还要将京营和亲军诸卫中的骑兵轮流调到这三地训练，以保障这些骑兵的战斗力。
朱载坖认为青海地位重要，虽然实行改土归流，但是毕竟青海的其他内陆省份不同，由大量的少数民族，所以朱载坖命令设置钦差总理青海蒙古番子事务大臣，管理蒙古族、藏族事务，以兵部尚书衔坐镇，专门负责处理青海事务，要选用精通军
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