申时行的这份奏疏，从表面上看起来并没有什么奇怪的，只是单纯的要求朱载坖迅速补充内阁阁员，同时派遣内阁辅臣出镇南京，只是一份比较正常的奏疏罢了。
但是对于很多比较敏锐的官员们来说，已经发现了此事的奥妙了，内阁增补阁臣，一向是首辅的专利，之前这种事情都是首辅张居正上疏奏请的，即便是张居正不奏请，也应该是吏部尚书奏请，怎么也轮不到申时行这个一向在内阁毫无存在感的阁臣上疏。
而且吊诡的就是，首辅张居正对于此事似乎也早就有所准备，并没有对此事有所反应，也没有向朱载坖上疏，内阁似乎和以前并没有任何区别，这点倒是出乎所有人的预料之外，他们原本以为，以张居正的强势，绝对不会容忍申时行在内阁越过自己向朱载坖上疏的行为，但是面对申时行的上疏，张居正没有任何表态。
而朱载坖在收到了申时行的上疏之后，命令内阁辅臣、部院重臣以密疏向朱载坖举荐阁臣，随后召见了新任兵部尚书王崇古，朱载坖召见王崇古的目的很明确，就是要王崇古到部理事的同时，还要在赵锦到任之前，将京营的事情管起来，同时就是对于现在兵部的执掌问题和王崇古进行商量。
朱载坖认为，现在的兵部主要是一个军政机关，兵部要专注于军政事务，兵部接下来的事情是对于大明全国的卫所、镇协官军予以统计，核实军籍，军器还有战马、牲畜的数量，编列各镇的编制，检查军储是否到位，同时统计水师的吨位，对于各部官军每年所需要的武器弹药装备被进行统计之后，形成文书，送军器监组织生产，调拨军器、弹药、战马、装备等，还有镇协官军的兵员招募、退伍复员事宜，这些都是兵部的职权，要专注于军政事务。
而现在朝廷之上的风波，似乎和朱载坖毫无瓜葛一样，朱载坖仍旧按部就班的处理政务，并没有搭理这些传闻，但是背地里这些官员们的动态通过厂卫一五一十的都送到了朱载坖的案头，从刘忠担任提督东厂以来，缓和了陆绎关系，刘忠虽然能力一般，但是胜在老实本分，这点是朱载坖所欣赏的，所以现在的厂卫相处不像之前那样整日斗得跟乌眼鸡一样了。
而内阁辅臣们和部院重臣的上疏朱载坖也都看了，首辅张居正表示，辅臣选任，乃是人主之大权，他人不可置喙，所以张居正不敢推荐阁臣人选，伏请朱载坖圣裁，而其他的内阁成员也
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