这就导致地方官府的很多工作很难开展，地方官府无法正常运转，对于这个问题，地方官们举出了一个比较极端的例子，就是嘉靖三十五年，苏州府吴县征银14444.2两，而实际用于本县的祭银135.7两，整修衙门300两，惠民药材银2两。
这就是非常之离谱了，虽然这是在朱载坖进行改革之前的事情，但是也是非常惊悚的，朝廷的官府真正用于百姓的，就是二两银子的所谓惠民药材银，至于是否真的用于购买了惠民药材，还尚且不能知道，所以说地方官员们纷纷上疏，要求增加地方的财权，增加地方官府的收入，以保证地方官府能够正常运政和完成朝廷所赋予的各项职能。
地方官员们在上疏中总结了现在地方的情况，第一，由于地方官府财政的空虚，官府为了增加收入，往往会增设许多额外的税项，导致地方的苛捐杂税多如牛毛；第二,由于地方财政不足，官员的俸禄十分微薄，很多官员变本加厉地鱼肉百姓；第三，有限的地方财政在承担了军饷、官员俸禄之后往往已经所剩无几，对于本地区公共事务的建设有心无力，很多地区都是依靠本地乡绅捐款或者筹集资金来维修道路、渡口、桥梁等基础设施，而当遇到较大的自然灾害时，往往只能依靠朝廷的拨款，朝廷所要求的荒政、赈济等难以实施。
同时对于现在商税的实施，地方官员也确实提出了一些问题，由于商税的设置过于繁重，加上实施过程中又有不少官员趁机渔利，商税的征收变得极为混乱，朝廷和商人都没有从中获利。
以商税的主要来源，钞关关税来说，官员们在奏疏中说道：“国家置立钞关，仿古征商之法，下不病商，上籍裕国，内供赏功，外援边疆。今商税今榷政几遍天下，而朝廷设关东南至北新，西南至九江止矣，其他江西有湖口之税，湖口上接荆吴，下通两广，凡商货出南雄过贑州始抵湖口，处处有税，至芜湖，而分入京省矣。”
虽然朝廷制定了详细的钞关关税的税率，但是在实际征收过程中，近年各路关津货物经由处所，擅立牙行抽税，罔利病民，而且朝廷并没有收到相应的税款，据地方官员们的奏报：“夫一钞关所入曾不足以当一下邑之赋，上之搜括愈严而愈密，下之规避愈巧而愈多。”
这些问题都是确实存在的，还有就是对于工场的征税，这确实是一个重要的问题，现在在大明的京畿发达地区，各种工场
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