朱载坖将此事交给太子负责，命令太子和总理学政蔡国熙、协理学政王家屏负责处理此事，以人口总数确定生员的基准数量，同时有所损益，对于朝廷朝廷，对于一些特殊的地方，朝廷还需要的予以照顾，对于朝廷来说，东南各省毕竟文教发达，必须要予以照顾，所以以朱载坖特旨加恩的方式，给南直、浙江、江西、福建、广东、辽东、吉林、宁夏、缅甸、交州等地增加基准数量之外的生员，不为例。
朱载坖的圣谕算是解决朝廷之上有关于此的争论，一方面这次对于生员数量的确定，大体上是按照人口的总数来规定的，体现了朝廷南北一视同仁的态度，另一方面，对于南方各省的特殊情况还有新收复地区，朱载坖也以特旨的形式予以了照顾，算是权衡了各方面的利益。
而新上任的吏部尚书宋纁则是上疏朱载坖，要求恢复南人官北，北人官南的政策，这是大明初年的一项制度，目的就在于防范地方势力的做大，这一制度旨在打破官员在本籍任职的潜在利益关联，避免地方保护主义和裙带关系影响政务公正性。例如，南方官员到北方任职、北方官员到南方任职，可减少官员利用地域关系徇私舞弊的可能性，促进不同地域文化的交流与融合。
在大明初年，吏部铨选基本上都是按照这一规则来办理的，但是随着纲纪废弛，南北更调制度难以实施下去，现在大明一般是一般只用回避本省，和大明初年的情况已经是大不相同了，所以宋纁上疏，请求恢复南北更调制度。
按照太祖当年的诏令：“命吏部以北平、山西、陕西、河南、四川之人，于浙江、江西、湖广、直隶有司用之。浙江、江西、湖广、直隶之人于北平、山西、陕西、河南、四川有司用之。广西、广东、福建之人，亦于山东、山西、陕西、河南、四川有司用之。”
也就是说将大明全国分为三个大的地域，按照地域对于这些官员实施回避制度，但是随着朝廷的纲纪日渐废弛，同时这种回避制度在实际执行的过程中也确实是出现了各种问题，所以现在回避制度确实是执行的不好，朱载坖当即御批宋纁的奏疏道：“国家用人，不得官于本省。盖以亲族所在，难以行法，身家相关，易于为奸。此太祖之深意，当行之！”
朱载坖将宋纁的奏疏明发朝廷予以讨论，商量恢复回避制度的问题，宋纁的这一份奏疏可谓当即在朝廷之中激起了千层浪，大明的回避制度
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