务总署干活，好处是人家税务总署的，但是坏事可是自己来干的，地方州县对于这些事情自然是能够拖延就拖延，再加上这个富户贿赂州县官员，使得州县官员对于这些事情是极为懈怠了，他们虽然不敢正面对抗朝廷的大政方针，但是他们采取的是软对抗的办法，对抗朝廷征收的工商赋税，这点朱载坖还是很清楚的。
朱载坖对于此事并没有立即作出反应，朱载坖既然已经将庶务交给了太子处理，这些事情就要让太子来处理，看看朱翊釴处理这些事情的能力，各税务分司的奏报上来之后，内阁、户部也作出了相应的反应，内阁、户部、刑部、等相关的部院也命令地方官府要严格赋税征收，各提刑按察使司和地方府州县要配合税务分司，对于抗税或者是偷逃税款的，要予以严厉惩处。
朱翊釴也下达太子令旨，要求各巡按御史要督促地方府州县加强对于抗税以及偷逃税款的惩处，加大赋税征缴的力度，在朝廷的严令之下，赋税的征缴还是有了一些好转，这次征收工商赋税，表现最好的还是苏松等地区，苏松的商贾们基本上能够按照朝廷虽制定的则例缴纳赋税，虽然也有偷逃的行为，但是总体上上还是不多的，反而是闽浙、两广等地的商人，抗税的想法很多，尤其是两广商人，据两广总督李化龙奏报，两广的商人们对于朝廷征收工商赋税，是比较反感的，虽然他也已经严令地方官府要配合税务分司征收赋税。
但是效果并不好的，两广、福建等地，地方宗族势力比较强大，朝廷的官府相对弱势，在很多时候朝廷官府是需要和地方上大家族相互合作的，所以抗税的情形在这些地方是相对比较严重的，这点朱载坖也是很清楚的，但是朱载坖仍旧让太子领导朝廷想办法解决这些事情。
首辅张四维认为，根本问题还是要解决地方官府配合税务总署的问题，现在地方官府怠于配合税务总署对于这些抗税的富户予以打击，所以张四维呈上题本，请求朱翊釴批准将工商赋税的征缴情况列入地方官员的考成之中，敕令吏部对于配合税务总署征缴工商赋税或者是打击偷税抗税不力的地方官员，降低他们的考成等次，不予升迁，甚至要予以各种处分。
朱翊釴请示朱载坖之后同意了内给的建议，命令吏部尚书宋纁制定相关的奖惩条例，以规范朝廷的工商赋税征缴，同时刑部和提督巡检衙门，命令地方各提刑按察使司要督促州县，及
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