程赶赴交河，等待来年积雪融化之后，就要迅速的修整车师古道，方便朝廷调遣援兵和运输物资，同时抽调西北各镇的援兵和物资，准备驰援庭州，朝廷要密切控制车师古道，在此处设兵守卫，保障交河和庭州的联系。
最重要的不是增兵和转运物资，而是要在在此屯垦，这点是最重要的，西域广大，要是依靠朝廷转运物资的话，朝廷根本难以长期保证西域诸军的物资供应，这点不光是朱载坖，大明的这些重臣们也都是清楚的，所以要大兴屯垦，由于西域的情况特殊，卫所就成为了最好的办法，朱载坖命令从山西、陕西、宁夏、甘肃还有直隶等卫所军余子弟中挑选有家有口的，还有就是没有从朝廷那里获得土地的军户，也要征召起来迁往西域，组建屯田卫所，在西域屯垦实边，用他们缴纳的籽粒，养活西域的驻军。
朱载坖命令以哈密、交河、庭州等大明现在已经控制的地方为主，组建屯田卫所，由朝廷提供工具、种子、口粮、衣物等，每军授田五十亩，在西域屯垦，五年起科，与内地田赋一样。
除此之外就是西域的宗教问题，原本西域是信仰佛教的，但是随着喀喇汗王朝的崛起。此后，经历了四百多年复杂的政治和军事较量后，最终在元朝时期，随着东察合台汗国在西域地区占据统治地位，蒙古汗王加速了伊斯兰教在新疆的传播。可以说，于阗佛教是新疆佛教史的缩影。龟兹、高昌、疏勒等地的佛教，在盛极而衰之后，又遭遇整个中亚地区的伊斯兰化大背景，最终退出历史舞台。
现在回教在西域是很盛行的，但是大明并非蒙古人，对于回教是一直很警惕了，尤其是在蒲寿庚叛宋之后，大明对于回教群体是极不信任的，蒲寿庚亦官亦商，官商合一，可以凭借权力更大规模地开展香料贸易，并可通过各种合法手段攫取利益，增加财富，蒲寿庚于宋末垄断泉州香料海外贸易近30年，以善贾往来海上，致产巨万，家僮数千。蒲寿庚拥有大量海舶，南宋朝廷也厚待于他。
南宋朝廷授蒲寿庚福建安抚使兼沿海都置制使，合称福建安抚沿海都置制使，安抚一路之兵事民政，执掌福建兵事民政要职。统领海防，权力很大。结果蒲寿庚尽屠城内之宋宗室，守泉州三月。这对于大明来说是极为惨痛的教训，大明官员们一直以来的看法就是非我族类，其心必异。
而且回教有政教合流的趋势，在前元，这些回教徒干涉朝
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