但是朱载坖显然不是这么认为的，对于这些官员们上疏，朱载坖一向是十分警惕的，朱载坖也很清楚，他们不过是想借由清算张居正否定整个隆庆新政罢了，同时还要震慑住阁部重臣们，从嘉隆以来，世宗皇帝和朱载坖都加强了对于阁部重臣们控制，尤其是内阁，还是基本上能够按照皇帝的心意行事。
这就使得这些官员们对于这些重臣是极为不满的，他们认为整个官僚体系应该是和皇权相对抗的，而现在倒好，内阁和部院重臣们是公然站到皇帝这边，这对于整个官僚系统来说，无疑是背叛，所以他们要借由清算张居正实现两个目的，第一就是推倒朱载坖的隆庆新政，第二就是震慑这些部院重臣，使得他们回归官僚体系中来，不再和皇帝合作。
这两点都是朱载坖所不能允许的，隆庆新政是朱载坖一生的政治成果，不仅仅是李春芳、高拱、张居正等阁臣的政治成绩，更是朱载坖这个皇帝的政治成绩，推翻隆庆新政就是在否定朱载坖，这点是朱载坖所绝对不能容忍的，而他们对于阁部重臣的公然挑衅与威胁，这也是朱载坖所不能够容忍的。
这是会割裂整个大明朝廷的，为什么在嘉靖、隆庆两朝，宦官势力能够得到极大的抑制，即便是像黄锦、冯保这样深受信任，权柄极重的宦官，也不能够像之前一样，掌握行政权力了，就是因为皇帝掌握了内阁，那司礼监和宦官们地位就相对下降了，之前的皇帝们为什么要重用宦官。
因为宦官是皇帝用于制衡整个官僚集团的唯一手段，在之前的大明，整个官僚集团相对比较团结，即便是内阁，也是官僚集团的一份子，虽然平时为皇帝服务，但是一旦到了真正要命的时刻，内阁还是会站在官僚集团这边，所以皇帝们需要利用宦官、厂卫等机构来予以制衡。
而在世宗皇帝本人高超的政治斗争技巧之下，他已经成功规训了如张璁、夏言、严嵩等人为自己所用，在嘉靖朝的很长一段时间，内阁是为皇帝服务的，在这种情况之下，皇帝可以操纵内阁来摆布整个官僚集团，而宦官的地位就相对下降了，朱载坖当然知道宦官干政的后果，其实历代皇帝除了少数人之外，他们怎么会不知道宦官干政的后果呢？但是在没有内阁的帮助下，皇帝只能够依靠宦官和厂卫等特务机构来对整个官僚集团进行制衡，只有太祖、成祖、世宗等少数皇帝中的佼佼者，可以将内阁变为己用，不用依靠宦官来
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