除此之外，司农院的一个重要职能就是规划大明的仓储体系，从朝廷到地方，各省直、府州县还有军储等到底需要储备多少粮食，才能够保证大明不发生民变，这是一个很重要的事情，朱载坖对于司农院的一个重要的职能就是规划大明的仓储体系。
杨俊民向朱载坖详细条陈了他的看法，对于朝廷的粮储问题，应该按照各省直和府州县的人口、粮食产量、灾害发生的频率和对粮食生产的影响以及和产粮区的距离综合考虑，制定每个地方的粮储规模，而且朝廷要在一些交通发达的重要府州设立直属与司农院的大型仓储，将粮储和物价平抑纳入到地方州县正印的考成之中，这点是非常之重要的。
朱载坖批复同意了杨俊民的奏疏，要求司农院和吏部、户部商量详细的实施细则之后上奏朱载坖御批执行，而李成梁也向朱载坖上奏了他对于未来战局的判断和方略，按照朱载坖先南后北的总方针，李成梁认为今年官军的主要任务仍旧是在西域北部建立起稳固的地盘，打击卫拉特四部，为大明日后南下创造条件。
而李成梁也找到了他所希望的攻取的地方，就是原大唐的乌宰守捉，也就是后世的玛纳斯县所在地，这里是庭州的最西端，天山山脉北坡中段、准噶尔盆地西南缘、玛纳斯河东岸。地势南高北低，自东南向西北倾斜。地貌分南部山区、山前冲积平原、北部沙漠三大部分。南部天山山区系依连哈比尔狼山的一段，沟壑纵横，树木丛生，水草丰富，是天然的牧场，可分后山、中山、前山。中部为洪积、冲积平原，这里地势平坦，气候相对温和，也是适合官军屯垦的地方。
玛纳斯，蒙古语意为巡逻者，因玛纳斯河沿岸有瓦剌巡逻士兵而得名，意寓“英雄”。渡过玛纳斯河的话，就是石河子，位于准噶尔盆地古尔班通古特沙漠南缘，这里地处天山北坡，交通枢纽地位显著，同时官军可以利用玛纳斯河的水源来屯田，为官军提供粮秣，同时控制了此处，官军就彻底在天山站稳了脚跟，将整个天山控制在手中。
接下来官军就可以采取相对比较灵活的措施的，李成梁认为，在控制了玛纳斯和石河子之后，官军可以先沿天山一路向西，控制整个天山，将西域一分为二，然后先南下伊犁、和田等地，控制这些水草丰美的地方，然后从伊犁北上，控制阿勒泰等地，这样整个西域就可以抵定，朱载坖当然是很清楚李成梁的方略是可
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