对于南方官府要求废卫所，朝廷显然是不能支持的，地方官府考虑的着眼点是毕竟只是自己的利益，而作为朝廷，必须考虑大明通盘的利益，朱载坖很清楚，随着大明官军火器化的程度提高，常备军未来将会是官军征战的主力，这点是毋庸置疑的，募兵确实是会成为官军的主流，但是现在还需要解决两个问题，第一就是募兵的来源，第二就是募兵的遣散与安置。
之前戚继光为什么征募义乌的这些矿工，当年戚继光的奏疏很多的说明的这个问题，戚继光在奏疏中说道：“此辈皆良家子弟，俱有身家，可聚可散。惟恐其不留，毋虞其难散。”对于募兵来说，最麻烦的就是裁汰和解散问题了，一个不小心，就容易引发兵变，这在大明是极为常见的事情，这点朱载坖是很清楚的，而卫所在这个方面确实是具备稳定性。
卫所只要能够保障军屯，将士退伍之后，就可以回到本卫成为屯田军士，朝廷对于他们的控制还是十分之严格的，所以兵部等衙门是强烈要求保留卫所的，这点也得到了朱载坖的支持，朱载坖对重臣们说：“夫兵曰额兵，则部伍既定，即兵制有更易，额外毋得复增。饷曰额饷，则出纳惟明，即岁用有赢余，另有处分，额内毋得辄减。所谓兵食俱足，经久可行者殆不出此。”
大明的兵制，最重要的是建立一支稳定可靠而有战斗力的官军，这点是最为关键的，而直接向民间募兵，最大的问题就是怎么安置、裁汰和遣散这些募兵，兵部尚书梁梦龙就说道：“募兵既费而散兵尤难，即有病弱汰革者，往往潜住境内，纠结为非。议者谓去兵之难，难于去盗哉！近汰兵省费之议出，欲令数千之众撤于一朝，此兵之所以激也，应募而来，遽勒回籍，治生无策，安得不乱。”
这点确实是大明现在存在的大问题，之前在东南抗倭之后，南方各省大量的组建募兵，在战事结束之后，又大规模的裁汰官军，朱载坖之前为了保证这些募兵不出现问题，同时为了解决地方的治安维护问题，组建了巡检官军，加强地方官府的武力，但是现在巡检官军的员额也基本已经满编的，再进行大规模的募兵和裁汰的话，势必引发动乱，这点朱载坖是很清楚的。
朱载坖说道：“兵者，凶器也，聚之易，散之难。彼其一呼而集也，若服轭之牛，故虽市井之强梁犹可绳之以坐作止齐之法。柙及其一麾而去也，如出柙之虎，故虽素闲之子亦不能
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