这样的话，皇帝就在内阁和部院权力之争中处于一个比较有优势的地位了，同时通过密疏、厂卫和庭寄制度，皇帝和朝廷都扩展的耳目，通过各种渠道来加强朝廷的信息收集能力，这点对于决策的是极为重要的。
而接下来的问题就是庭寄的层级问题的，庭寄本质上还是一种非常规的朝廷文书，对于朝廷来说，庭寄其实是越过了朝廷的原本的行政层级，直接由内阁或者是皇帝越过部院甚至是地方督抚、布按二司直接处理政务，所以朝廷必须控制好庭寄的层级，既要保证朝廷的政令和耳目，也要维护朝廷的行政层级，这点是极为重要的。
所以朱载坖在和内阁商量之后，还是确定了庭寄的对象，在文官方面，庭寄的对象主要是朝廷重点府的知府和督抚、巡按御史、户部等部院的分司、盐政、海关、税务等衙门的分司，通过他们了解基层政务的运行和地方情况，同时对于朝廷所实现的各种政策予以调整，同时直接干预部分的紧要政务。
同时规定有权利用庭寄向内阁反映相关事项的官员，不得滥用庭寄，除非紧急或者是机要之事，一般政务不得通过庭寄送达，违者一律罢黜。同时对于朝廷通过庭寄所安排的事项，一样要实行考成，而且是由内阁亲自负责实施，如果无法完成的，由内阁直接予以题参罢黜，通过这种形式，保证内阁在朝廷行政机构中中枢地位，这点还是非常之重要的。
而在军务系统，相对就比较简单的，凡游击以上都可以直接向军机处以庭寄的形式陈奏机要事务，除此之外，宪兵都司作为军机处的直属单位，也可以直接向军机处奏报，在朱载坖之前组建军机处的动作中，最低调的就是宪兵都指挥使司，其级别是和各都司抑制，但是其既不受五军都督府管理，也不受参谋军务总署等的指挥，而是直接受军机处和皇帝的指挥。
宪兵都指挥使司其前身是锦衣亲军南镇抚司，南司主掌锦衣卫内部法纪与军匠事务，是执行军纪的军队内保单位，所以朱载坖特地将南司从锦衣亲军中独立出来，成为全面负责大明官军内部纠劾和军纪纠察的专职部队，而锦衣亲军则成为情报侦缉、搜查和诏狱的负责单位，两者都有司法权，但是又互相制约互相牵制，防止厂卫权力过于膨胀。
同时将诏狱的办理权依照祖制归北镇抚司，锦衣亲军现在的主要职能就是侦缉和诏狱，但是诏狱的职能仅在北镇抚司，而非其他的各卫，
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