朱载坖的上谕下达之后，内阁和部院官员都纷纷上疏，为文选清吏司求情，申时行认为文选清吏司在此事上确实是有过错的，但是只应该追究相关人员的责任即可，不应该这么不问青红皂白的将整个文选清吏司全部罢黜，这点确实是有些过分了，而且文选司不同于其他的衙门，是吏部的核心衙门，朱载坖直接将整个文选司都团灭了，是使得吏部的政务无法办理的。
但是朱载坖表示，三条腿的蛤蟆不好找，想当官的人多了去了，要求署部事的杨俊民和掌流外铨选院的左侍郎赵志皋选定文选司相关官员的名单，然后上报朱载坖予以批准。
对于其余的奏疏，朱载坖一律留中不报，太子对于朱载坖的行为是有些不能理解的，这次吏部的作为确实是极为过分的，显然是不把朱载坖这个皇帝当回事了，朱载坖惩处这些涉事的官员是应该的，但是这次直接按照部门一个部门的通杀确实波及有些过大。
朱载坖问道：“太子是不是觉得朕有些过了？”
太子说道：“父皇，文选司毕竟要害衙门，是否要慎重。”
太子并不是不同政务的人，文选司不要说在吏部，就是在大明朝廷各部院中都算是十分有实权的部门，这点是朱翊釴所知道，其所主管的文官铨选，首先以作缺为基础制度，成化以来，在内缺官照旧移报本部，在外所司五日一申巡抚都御史、巡按御史，都御史、御史两月一奏，以凭铨补，然后上报吏部，作为吏部除授官员的依据。
按照文选司的制度，各衙门将缺官统计好之后，就进行所谓的做缺程序：“凡内外官考满、侍亲、致仕、丁忧、残疾、极刑，考功、稽勋来付及本司迁调改降，内外衙门开到为事提问等项官员，俱呈本部立案作缺，今照前项缺官，或抚按奏抄下部，或布政司类申到部，或各部院咨到本司，主事一员每月督同该科吏填注缺册作缺，仍详对过写上缺贴。”
在做缺之后，就是拟缺和收选两个步骤了，首先是拟定当月吏部应补官缺总数，也就是拟缺，然后登记赴部应选者，形成应选者名录，也就是收选，在完成这个步骤之后，才是根据各种官缺，分门别类的予以拟定人选。这是整个文选司上下官吏一道完成的事情，绝对不是某一个官员能够完成的，这点朱载坖是很清楚的。
朱载坖认为这次是整个文选司上下，沆瀣一气，合谋抗旨，朱载坖认为这不是某一个官员的责任，而是整个文选司的责任
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