面对都察院所重新行勘的相关证据，即便是闽粤籍的官员也无法为林希元辩白，这点已经是非常之清楚的事实了。每天都察院都会公布各种证据，尤其是行勘的各种证据，当年的很多证据也都浮出水面了，各种证据都很明确的证实，当年朱纨对于林希元的弹劾是确实的，当年的林希元确实是通番，这点是毋庸置疑的。
而军机大臣俞咨皋则是给此事下了一个最终的结论，俞咨皋拿出了其父俞大猷的正气堂集，在其中俞大猷对于朱纨是高度评价的，并且为之惋惜，俞大猷在其中说道：“数年之前，有徽州、浙江等处番徒，勾引西南诸番，前至浙江之双屿港等处买卖，逃免广东市泊之税。及货尽将去之时，每每肆行劫掠，故军门朱（朱纨）虑其日久患深，禁而捕之。自是西南诸番船只，复归广东市舶，不为浙患。当时倭寇未侵，东南无事，而巡抚朱节制精明，赏罚信必，隙将开而先室，机方动而亟除，任事不虑其怨，逮下必开其诚，算计靡爽，从谏如流，人得以尽其心，众皆愿为之死。使其不遭浮议，得久在职，则其制置愈详，禁防益密。如王直之巨猾，必不得以恣横于浙东，而沿海之奸徒，岂敢出入倭国。”
俞大猷作为东南重将，他的话还是有很重的份量的，俞大猷对于朱纨，显然是十分之惋惜的，同时更多当年参与过东南抗倭的臣子们及其后代也纷纷向朱载坖上疏，请求为朱纨昭雪。
朱载坖在批阅这些奏疏之后，下达上疏，将之前都察院解送林希元后代变为逮问林希元，这些变化是极为重要的，这就意味着朱载坖以皇帝的名义出现干涉此事，力度是极大的，逮问尤其是朱载坖亲自下旨的逮问，自然是要定罪的，这也就说明了朱载坖的态度，而在做完了这件事情之后，朱载坖所要关注的就是为朱纨昭雪的事情。
这个事情其实还是有那么一点棘手的，因为朱纨毕竟是自杀的，这就使得很多事情很难说了，朝廷其实最后并没有给朱纨定罪，因为在朝廷准备行勘之际，朱纨就说过：“纵天子不欲死我，闽浙人必杀我。吾死自决之，不须人也。”写好了墓志铭，仰药而死，这就使得现在朝廷要为之昭雪，有些麻烦，毕竟从理论上来说，朝廷还没有来得及给朱纨定罪，朱纨就已经自杀了。
所以朱载坖必须要召集内阁和法司相关的重臣，来商讨此事，朱载坖首先就摆明了自己的态度，朱载坖说道：“当日朱纨一案
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