是非常之重要的，所以要单独设立一个巡抚，主要管理，虽然这些除了卫所官军之外驻守的常备官军不多，但是由于控制了新疆和内地的交通要道，是朝廷调遣援兵、调发物资的重要通道，对于朝廷来说自然是极为重要的地方。
而且哈密是新疆的东大门，是新疆连接内地的交通要道，自古就是丝绸之路上的重镇，素有“西域襟喉”、“中华拱卫”、“新疆门户”之称。交河之地绿洲纵横，自汉代至本朝一直是天山东路的精华所在。所以要单独设立巡抚，加以控制，这样就形成了南北两路为前锋，东路为后劲的配置。
朝廷既要在新疆沿边和人口众多的地方屯驻卫所和重兵，以控制当地，同时在东路也要配置官军，设立巡抚，同时加强守备，东路巡抚也是朝廷制衡南北两路的重要手段，因为东路巡抚的辖区其实和总督辖区是很近的，总督直属官军和提督军务总兵官的机动官军也大多配置在东路，作为随时支援南北两路和控制出入新疆的交通要道的手段。
至于新疆具体的府州县，要等到朝廷彻底安定了新疆之后，听取新疆当地官员，了解人口、耕地等实际情况之后，再做决定，除此之外，朱载坖命令司农院组织官吏和农学方面的人才，赴新疆实地查探，哪些地方适宜屯垦，哪些地方适宜成为官军战马的马场等，都要予以详细的规划，这些规划就是官军配置卫所，开展屯垦的重要依据，所以是马虎不得的。
除此之外，对于新疆的矿产等也要予以勘探，为朝廷开发提供相应的依据，而在确定了这些问题之后，朱载坖再次回到老问题上来了，朱载坖问道：“新疆回教，如何处理？”
朱载坖早就密令戚金、董一元、李成梁官军大将，对于叶尔羌汗国的这些宗教上层，除恶务尽，不得残留，这些宗教上层，不仅在当地聚敛了大量的财富，而且极为极端，对于朝廷对新疆的统治，是一个极大的干扰，新疆本地的回教，和大明内地的回教，完全是两个概念。
大明内地的回教，相对汉化的比较彻底，也相对乖觉，他们提出了以儒诠经，也就是所谓的“以东土之汉文，展天房之奥义”，用中国语言和儒家文化来阐释伊斯兰教思想，用中国传统哲学的无极、太极、阴阳、理气、性命、五行、体用等范畴，阐发伊斯兰教的宇宙观，用中国传统“仁”“义”“礼”“智”“信”，解释伊斯兰教的“念”“礼”“斋”“课”“朝
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