尽管朱载坖之前对于内阁进行了一定程度的规范，同时也确定了内阁作为朝廷的决策机构这一重要地位，但是内阁仍然和前代的宰执机构是有很大的区别的，首先就权力上的区别，内阁的所有权力都来自于皇帝的授予，而不是制度所决定的。
如唐宋的政事堂和中书门下，是很典型的宰执机构，其基本特征是宰相有了裁决政务的常设机构，中书门下或者是政事堂成为最高决策兼行政机关，超然于三省之上。政事堂号中书门下，列五房于其后：一曰吏房，二曰枢机房，三曰礼房，四曰户房，五曰刑礼房，分曹以主众务焉。
而内阁并没有这么多的僚属，而且也不能直接处理政务，原本唐宋宰执的权力实际上被分成了两个部分，也就是内阁的票拟和司礼监的批红，内阁拟票之后，必须要司礼监批红之后才能够生效，所以内阁的权力比之政事堂或者是中书门下来说，其实是非常之小的。
朱载坖和太子说起此事的原因就是很简单的一个问题，大明需要一个什么样的内阁，这是朱载坖一直在思考的问题，从大明的法理来说，对于内阁的定位是辅臣，也就是辅佐皇帝处理政务的臣子，并非宰执，因为太祖皇帝有过祖训，大明是绝对不会设立宰相的。
这个祖训主要是为了防止出现权臣，但是从实际情况来看，并没有什么卵用，这个祖训最大的目的就是使得部院有理由对内阁加以诘问，很多时候，这个祖训就是部院和内阁斗争的有力武器。
朱载坖认为，现在的内阁制度有三个极为要命的缺陷，第一就是阁部冲突严重，历代及本朝初年，六部均隶属于丞相，凡事必须秉承宰相的意志，自撤中书省、提高六部品秩后，六部变成直接对皇帝负责，职权完整，而且最开始在阁之上。
但随着内阁品位的提高，又有票拟权，内阁比六部更接近皇帝，部权便在不同时候、不同程度上为内阁所侵。但是，内阁毕竟不同于中书省。
从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
即便是在朱载坖改革之后，加重了内阁的权力，但是内阁仍旧无法完全控制部院，部院和内阁之间的因为权力仍旧是时常予以斗争，内阁与部院的这种职权界限不清，工作上彼此失调
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