内阁辅臣和都御史们就此事一上来就火药味很重，叶向高不得不出来说道：“阁老、总宪，科道与内阁、部院，分权而制之，此祖宗之法也，总皆是为朝廷也。”
其实现在内阁和科道之间的矛盾是很明确的，就是内阁认为科道侵夺了原本属于内阁和部院的行政权力，而科道则是认为内阁视科道为工具，利用内阁来实现党同伐异的斗争。
这次关于京察大计的冲突和矛盾，其实只不过是此事的一个极重爆发罢了，王锡爵新官上任，一改之前申时行和衷共济的为政态度，要推动大明政治的继续改革，同时对于其中所出现的弊端，王锡爵要大力予以整顿，所以王锡爵借由京察大计准备推行自己的计划。
在叶向高说和此事之后，温纯等人的态度也还是软化了，毕竟他们很清楚，王锡爵所说的确实是实情，在京师科道的权力还相对比较受限制，但是在地方，现在科道的权力已经扩张的极为厉害了。
原本按照大明旧制，巡按御史与按察司互相纠举的制衡格局。但是到正统十一年，吏部规定“布按司官从御史举劾”，巡按御史的权力逐渐扩张。到景泰七年又下令布政司、按察司悉听巡抚同巡按一体考察具奏罢黜，这就使得巡按御史的权力得到了极大的扩张。
巡按御史的权力扩张导致权力僭越，一是侵蚀地方行政权，原本布政司掌握一省的行政权，随着巡按御史权力兴起，演变为“凡有大兴革及诸事务，必请于抚按”，巡按御史直接参与地方具体政务，架空地方行政体系。
二是渗透军事权。地方军事部署征剿盗贼等军务巡按御史都要参与谋议，甚至亲自指挥。
三是架空考核权。由于巡按御史掌握弹劾和考察大权，一些贪官污吏为避免考核降级而向巡按御史行贿。
这些都是现在已经确实存在的事情，都察院的这些长官们也都是十分之清楚的，所以对于王锡爵的指责，他们也无法予以反驳，而在叶向高的调停之下，王锡爵也态度加以软化，同时劳堪也说道：“元辅欲何为，可直言也，若当行，则科道必全力支持。”
王锡爵于是就将自己的打算明白的说出来了，之前高拱、张居正所要求是省议论，王锡爵认为省议论未免有些过于霸道了，所以王锡爵并不会要求省议论，而是要求一议论。
王锡爵说道：“言官所当核奏，部所当题复，明旨申令不啻三五，而民生卒未能安治，治效卒未能睹者，何哉？盖其说有二：曰
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