之前带着一个旅去东瀛周边海面上进行军事演习的海军旅长周鹤芝原也是海盗出身。
他是福清仁寿里(今音西镇)松潭人，他少年读书，因为科举失利，此后在20岁时游走海上，在东瀛到大明的海上贸易线上做事。
由于聪明智慧、礼贤下士、乐善好施，这使得很多走海路的人对周鹤芝十分服气，此后周鹤芝开始了海盗生涯。
但是周鹤芝此人有古代任侠的风范，打劫海商时并不杀人，只是抢夺一半的物资，面对穷困的海商就放过一马，在海上还获得了一个称号：“仁盗”。
当然依照现在的观点来看，这个名称肯定不符合现代的道德规范。周鹤芝此后曾经返回家中被官府逮捕，但是因为对待狱卒和同县的吏员十分好，经常给钱，所以从容离去。
在清军大举进攻江南，屠戮无辜的百姓之时，周鹤芝决心为大明效力，舍身报国。周鹤芝曾经说了一番话：大丈夫乘时立功，当及筋骨尚壮，为朝廷用。此后接受了南明的招抚，参与抗清活动。
后来，隆武朝廷建立，周鹤芝授封水军都督，驻扎舟山。
当时江北总兵黄斌卿纵兵抢掠商贩，周鹤芝力劝黄斌卿，同时亲自前去调节商贩与官兵的矛盾。
另外周鹤芝制定策略安抚商旅，对于投奔的人也是以礼相待，最终导致大部分投奔周鹤芝，最终黄斌卿恼恨周鹤芝，周鹤芝只好南下福州朝见隆武帝，最后与其他人北上抗击清军。
之后，周鹤芝在郑鸿逵的带领下出兵浙江，与张国维和方国安的军事行动呼应。
清兵进攻福建，隆武帝被清兵俘杀。当时郑成功的父亲郑芝龙所部是隆武政权的主要军事力量，但郑芝龙想要投降清朝，而且还挟持周鹤芝的妻儿招揽周鹤芝。
此时周鹤芝与一群官僚也打算护送安昌王朱恭木枭前去郑芝龙会合，希望劝郑芝龙继续抗清。
但是大家到达安海会合后，郑芝龙却把一群人给劫持了要求大家投降，众人责怪周鹤芝，周鹤芝十分惭愧，于是提着一把刀面见郑芝龙，说了一番话：
芝一介武夫，海隅亡命;今荷国恩，决不爱一死!所惜大人以二十年威望，一旦堕地;岂大丈夫所为!若听芝言，悉甲长驱以复八闽，芝愿碎首先登;如必欲髡发请降，芝愿先一死，以明不敢背德。
说完周鹤芝便想要自杀，郑芝龙夺取刀阻止周鹤芝自杀，但是郑芝龙一心降清，两人最终分道扬镳。
此后周鹤芝参与福建、
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