琉球王国在这个时期也是处于萨摩藩的掌控之下。不过控制琉球的原因倒不是萨摩藩贪图那点海上的土地，而是因为江户幕府执行锁国政策，萨摩藩想要与隔海的大明交易，又不能公开与幕府对着干，就拿琉球作为掩护，以其作为对大明贸易的窗口。
不过此次的考察行程中并不包括南方的琉球群岛在内，对于九州地区的考察重点还是在北部的长崎、佐世保、平户及五岛列岛这几个地点。
从九州岛南端到长崎港，有近百海里的航程。船队为了考察沿岸状况特地放慢了航速，所以这段航程用了近两天的时间才走完。
长崎位于九州岛西海岸，自古以来就是日本的对外门户，早在隋唐时期，日本的遣隋使、遣唐使、僧人，大部分都是从这里出发前往中国。到了明代，中国沿海地区的海商也大量前往日本经商。16世纪中叶葡萄牙人与荷兰人也先后抵达了这里，开始与日本达成贸易关系。从17世纪开始，江户幕府逐步限制外国船只的贸易场所，到1635年，也就是两年之后，长崎就将成为日本唯一的对外贸易港，并且在此后的近两个世纪中延续这种独一无二的地位。当然了，由于这个时空多了海汉这群穿越者的加入，或许日本未来的走势就不会再和原来的历史轨迹一模一样了。
“长崎是一个有很多不同面貌的港口城市，会在当地看到唐人町，孔子庙，也会有西方的教堂，说起来跟广东的濠镜澳，舟山的老双屿港比较相似。”天草四郎在航程中向陈一鑫介绍长崎当地的状况，他曾经在长崎生活过一段时间，所以对当地也比较熟悉。各国的海商和水手带来了不同的文化，使得长崎当地的风土人情都呈现出独特的多元化态势。
当船队驶入长崎湾，陈一鑫就更为直观地感受到了这个地方为何会成为长期以来各国水手海商的共同选择，这里三面环山一面临海的长条状港湾的确是条件上佳的天然良港。以军事眼光来看，港湾入口处两岸的钳形高地也是绝佳的防御地形，只需架上数门火炮，就可以完全封锁港区的出入航道。如果让海军和海运部那些激进分子看到，肯定立刻就会叫嚣要把这里占下来。
作为一个汇集了各国商人的综合贸易港，这里对于外来者的态度倒是很友善，这支海汉船队驶入港湾后，也并没有引发任何混乱。不过岸边金发碧眼的欧洲水手看到桅杆上的红蓝双色旗之后，都是难掩脸上的
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