迅速调兵遣将，任命光禄勋邓鸿为主帅，统领越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、护匈奴中郎将杜崇等一众将领，率领数万汉军精锐，开赴边疆征讨叛军。
同年九月，汉军主力开拔，与叛军形成对峙之势。十一月，护匈奴中郎将任尚率领鲜卑大都护苏拔廆、乌桓大人勿柯所部八千骑兵，疾驰至满夷谷设伏，恰好拦截住向北逃窜的逢侯叛军主力。狭路相逢，汉军与鲜卑、乌桓骑兵并肩作战，奋勇冲杀，叛军猝不及防，阵脚大乱，一时间尸横遍野，溃不成军。
与此同时，越骑校尉冯柱率领另一路汉军，趁胜追击溃败的叛军残部，再度大破敌军。经此两战，汉军前后共斩首叛军一万七千余级，逢侯单于见大势已去，不敢再作抵抗，只得率领残部仓皇逃出塞外，远遁他乡，北匈奴的叛乱终被彻底平定。
永元八年（96年）五月，逢侯单于的左部匈奴人，因不堪其暴虐统治，纷纷脱离叛军，南下归降汉朝。刘肇宽厚待人，欣然接纳了这批降众。然而，归降的匈奴人中，有一位名叫乌居战的首领，曾是南匈奴单于安国叛乱的同谋，手上沾满了汉军与百姓的鲜血。朝廷有意追究其罪责，乌居战闻讯后，心生畏惧，竟再次率领部众反叛，侵扰边塞。
同年七月，刘肇派遣度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱率军追讨叛军。冯柱深谙兵法，用兵如神，迅速击溃了乌居战的叛军，最终将其斩杀，彻底肃清了北匈奴残部的叛乱隐患。
自东汉光武帝建武年间以来，西羌部族便时常侵扰大汉西北边疆，成为朝廷的心腹大患。而西羌历次叛乱，往往皆是由烧当羌率先发难，其部族骁勇善战，桀骜不驯，屡次成为叛乱的祸首。
永元五年（93年），护羌校尉贯友奉命镇守西北，深知烧当羌乃是边疆安定的最大威胁。为了防患于未然，贯友主动出击，派遣精兵强将出塞，直奔烧当羌的聚居地大小榆谷，突袭羌王迷唐的部族。汉军将士奋勇杀敌，大败烧当羌，斩首八百余级，缴获牛羊马匹无数。迷唐仓皇失措，率领残部狼狈遁逃，远离大小榆谷。
贯友深知斩草需除根，为了彻底遏制烧当羌的反扑之势，他下令沿着逢留河修筑堡垒要塞，制造大批战船，架设河桥，以此控制河道交通，断绝迷唐重返大小榆谷的通路。迷唐得知汉军的部署之后，不敢再靠近大小榆谷，只得率领部众远迁至赐支河一带，休养生息，伺机而动。
永元九年（97年）
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