员为总督，下设统筹司、政策法规司、财物司、人事司、建设司、技术司以及外部进驻的监管司、审查评估司；
统筹司负责公文处理、督办督查、政务信息、印章管理等工作。
规划计划司负责新开运河的路线规划、论证、修订、预算等等工作；
政策法规司负责运河开挖期间的律法制定、实施等等，以及与地方的协调工作；
财务司，负责运河期间河工的工钱、所需物资结算、食宿等等安排，凡是用银子的就找他们；
人事司，负责运河旗舰河工、官员、胥吏等等的调动与地方府衙的协调事宜。
水利工程建设司，负责开挖工作；
技术司，负责运河期间的所需技术的研究以及河工自己研究技术的收集、评定等等；
监管司由锦衣卫、巡查御史、工作组、所属布政司三司主官等联合组成，负责开挖过程中财物使用与核对、官员调动、河工惩处与奖赏等等是否合力合法合规。
审查评估司主要负责运河的质量，包括沿途两岸河堤、深度、宽度、港口建设等等；
具体人员朕会亲自把控，不对外公布，可能河工、官员、百姓、物资供应的商人等等都是审查司的人。
诸位爱卿对此种设置可有其他想法和建议？一并提出来！”