按御史汪裕、卓迈、卢承钦，提学御史李蕃，巡关御史梁梦环，巡视五城御史黄宪卿、王大年、汪若极、张枢、智铤等人。
在地方的主要有前任应天巡抚毛一鹭，前任宣大总督张朴，前任大同巡抚王点，宣大总督张晓，大同巡抚张翼明，天津巡抚总督辽饷黄运泰，保定巡抚张凤翼，凤阳巡抚漕运总督郭尚友，专督河道侍郎李从心，三边总督史永安，陕西巡抚胡廷晏，延绥巡抚朱童蒙，河南巡抚郭增光，湖广巡抚姚宗文，抚治郧阳梁应泽，山东巡抚李精白，前任登莱巡抚李嵩，前任辽东巡抚袁崇焕，以及各地巡按、巡盐、布政使、按察使、道员、知府、知县、乡官等主持建祠官员。
他们被朱由检统统定为第五等拿下，命锦衣卫以卫尉寺名义配合户部罚没这些人的财产，在户部赃罚库账上走一下，直接充入军饷。
四十所生祠，牵连到主犯上百人，朝中虽然涉及到的大臣不多，但是有尚书加衔的侍郎就有两个，加上曹尔祯就是三个，还有两个侯爵。
地方总督在蓟辽总督刘诏被拿下后，又有宣大总督、三边总督、漕运总督落马。而且皇帝召开这次会议主要是讨论西南问题，川贵总督张鹤鸣多半也要被换。
可以说，六个总督只有两广总督商周祚被留下来，其余五个都要调换。
这个动静实在太大，以至于群臣纷纷求情，不能一下子处罚这么多官员。
朱由检只是在气头上，才一口气把这些建祠主犯罗列出来。
听到群臣求情，他也觉得地方变动太大不好，说道：
“天津巡抚总督辽饷黄运泰、凤阳巡抚漕运总督郭尚友、专督河道侍郎李从心、三边总督史永安、延绥巡抚朱童蒙。”
“这五人视其以往功绩暂且留任，如能解决边饷问题，以后降低逆案等级从轻发落。”
“其余人定为第五等，罚没非法收入以充边饷，如有隐瞒直接抄家。”
兵部右侍郎吕纯如为袁崇焕求情，说道：
“袁崇焕多有功绩，其人不怕死不爱钱，恳请从轻发落。”
这些日子为袁崇焕求情的人不少，朱由检考虑到他还有些能力，没有坚持把他定在第五等永不叙用，决定从轻发落。
不过这个人胆子实在太大，以后擅自砍了毛文龙不说，之前被罢免的一个原因就是因为擅自和后金议和，被辽东督师王之臣等弹劾。
袁可立也因为这件事“辱国非计”，被魏忠贤认为有可能坏了袁崇焕的功劳、影响魏
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