（公元1270年），阿干县、司候司入兰州，并废兰州堡、寨，龛谷、定远2县入兰州；元代兰州、金州属陕西行省，废卓啰和南监军司，置庄浪州（治今永登县），属甘肃行省。
明太祖洪武二年（公元1369年），徐达率军攻取兰州，降兰州为兰县、金州为金县，属陕西布政使司临洮府。洪武三年（公元1370年），置陕西都司兰州卫，指挥使驻兰县。洪武五年（1372年），改庄浪州为庄浪卫，属陕西行都司。明宪宗成化十三年（公元1479年），升兰县为兰州，兰州辖区包括今城关、七里河、安宁、西固四区和皋兰县及景泰县部分地区。明代降金州为金县时，治所自龛谷移至今榆中县城。建文元年（公元1399年），肃王由甘州（今张掖市）移驻兰县，建肃王府（今省政府驻地），其护卫队甘州中护卫亦移兰州，但卫名未改。