对的，朱衡认为，一旦这样做了，会使得淮河下游面临严峻的水患，所以朱衡坚决不同意潘季驯的办法。朱衡认为：新河受东、兖以南费、峄、邹、滕之水。以一堤捍群流，岂能不溃?宜分之以杀其势。
而且大明的治河方略本来就有问题，户部、工部会商此事时，就曾经定下过治河的大方略，就是：祖陵为国家根本，即运道民生，莫与较重。首先就是要保证凤阳的祖陵风水，其实朱载坖很怀疑凤阳的祖陵里埋的什么，毕竟以当年重八哥的状态，他还能找到祖陵也是一件很神奇的事情。
朱衡不同意潘季驯的意见，朱衡就指出，潘季驯把运河出口移到新庄闸，仍命名为“天妃闸”。然而新天妃闸口距黄河、淮河交会处仅200丈，黄河水仍然向运河倒灌，运河河底日益垫高，年年挑浚不已。加上黄河、淮河水流汇合，潆洄激荡，运河出口极为危险，威胁漕船的安全。
同时朝廷为了保障漕运所实行的各种政策也不尽合理，运河每年的上半年是最为繁忙的，朝廷规定：山东、河南漕船限每年农历三月初一日、江北漕船限四月初一日、江南漕船限五月初一日、江西、浙江、湖广漕船限六月初一日到达通州。
各漕船交卸漕粮之后，十日就得启程返航，对于朝廷来说，上半年是一定要保证运河通畅的，所以在漕运开始前和进行时，均要闭闸蓄水，保障运河的通畅，但是此举对于淮河沿岸的百姓来说就是极为痛苦的事情了，因为淮河流域的降水也主要集中在六七月。
漕运进行时，淮水上游支干各河来量极大，无法宣泄，使得整个淮河中游成为滞洪区，只能任其淹没泗州以西地区。若逢上游地区暴雨，短时间就能给河、湖各堤造成严重的威胁。整个淮河下游都会遭受严重的水害，而若是如潘季驯所言，将黄河入淮，水势会更加不可收拾，淮河下游将会遭遇极大的水灾，这是朱载坖所不愿意看到的。
朱衡为此多次上疏，指出可能发生的事情，因为大明的漕运不仅仅受水文的影响，往往还有各种的人为的影响，如沿河役吏的勒索、漕丁售卖所带货物、运河河道障碍等，会将漕运拖到秋季，这样的话，淮河沿岸的百姓所遭受的水灾就会更加严重。
所以朱衡认为潘季驯的这个方案难以实现，同时会造成淮河沿岸的百姓沉重的灾难，所以朱衡不同意潘季驯的方案。
朱衡直接指出了不管是潘季驯还是之前
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