朱载坖不由得在内阁的题本上御批道：“昔日皆言太祖酷烈，朕今日方知，彼辈之贪婪，岂剥皮实草足以泄朕之愤乎？罪加三族，实不可恕！”
李春芳等人赶紧求见朱载坖，辅臣们担心此案真的扩大化，又形成如同郭桓案一样株连遍天下，整个官场惴惴不安的大案，这是他们最担心的事情，所以李春芳等人赶紧来给安抚一下朱载坖。
李春芳等人认为，严惩这些涉案的官吏，当然是应该的，不管是剥皮实草还是株连三族，都是应该的。但是这些案子所涉及的官吏，仅仅是大明官吏中的一小部分，朱载坖不能因噎废食，而且从朱载坖推行新政以来，官场风气还是得到了很大的改善，贪墨的现象也比之前少多了。
而且辅臣们认为，这些贪墨行为，并非是一朝一夕来的，有不少都是长久以来的陈规陋习，他们盗窃库银、盗卖物资，并不是从隆庆朝才开始的，现在查出来的，不少都可以直接追溯到嘉靖朝，所以朱载坖不必为此而大动干戈。
辅臣们也分析了为什么会出现这样的事情，小吏和下级官员的长期甚至是世袭任职是发生这种事情的主要原因，在发生贪墨案件的各个仓库中，很多仓库的小吏都是世袭任职的，这些管库的库大使等下级官员，要么是从小吏升任的，要么是长久的在此处任职，发生贪墨，不足为奇。
辅臣们认为，只要搞清楚缘由，针对性的施加措施，遏制贪腐，并非不可能的事情，但是辅臣们担心的是朱载坖就此大开杀戒，并且不再信任官员们，这是辅臣所担心的问题。
朱载坖说道：“诸位所言，朕都知道，此案不仅要穷究到底，还惩前毖后，完善大明对于各个仓库的管理、监督，防止再出现此等硕鼠。”
同时陆绎也向朱载坖奏报，现在诏狱关押的人犯太多，是否要先处理掉一部分，来保证接下来的案子审讯，朱载坖同意了陆绎的看法，现在太仓涉案的这库丁什么，基本上已经交代完毕，该追赃的也追赃了，朱载坖出中旨，将这些涉案的库丁，全部市曹刑戮，剥皮实草，悬挂于太仓银库，以警醒后人。
同时将三族全部流放缅甸，抄没家产，以儆效尤。
除此之外，朱载坖要求厂卫根据取得的口供，对这些盗卖朝廷物资的商贾予以缉拿，不仅要拿人，还要抄没家产，同时拷问相关的情况，尤其是他们怎么和这些官吏勾结在一起的，有哪些官员参与到其中了，最高涉及
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