而在大明介入西域之后，沙汗的势力就更加受到打击，一方面是大明不断收复原本的领土，另一方面是叶尔羌的不断打击，势力日益消亡，在官军重新将吐鲁番夺回之后，满速儿这一支的势力已经消亡殆尽了，真正对于官军构成严重威胁的是叶尔羌。
在叶尔羌汗国达到鼎盛时期疆域包括天山南部、巴尔喀什湖以东、以南地区费尔干盆巴达克山、和瓦罕地区，有兵五六万，不过和满速儿的政权一样，叶尔羌汗国内部也是矛盾重重，阿不都克里木之后是拉失德的五子穆罕默德称汗。穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政。拉失德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击，在大明的压力之下，才拥立了新可汗阿不都里提夫准备对抗大明。
不过即便是如此，叶尔羌汗国内部的斗争也依然没有停止，据吴兑等人得到的情报，针对汗位的争夺远没有结束，这也是所有游牧部落的通病，叶尔羌汗国也是如此，他的汗位继承有很深刻的蒙古风气，按照蒙古人的传统观念，汗国不是君主个人的私产，而是属于整个家族。因此，蒙古统治者采取族内择长的继承制，具体地说，就是兄终弟及，若同辈兄弟全部去世，从子侄辈中再择年长者依次继位。
这就极易导致国家内部的动乱，虽然这种继承法常见于各游牧民族。在聚族而居的游牧生活，与具有军事民主特征的部落体制中，择长继承可以最大限度地维系庞大的部族成员，增强家族凝聚力，也可避免幼儿即位的混乱局面。但这种制度的缺陷也很明显。可汗也有人之常情，会对自己儿子有所偏爱。而可汗的儿子在父亲死后，自然也希望继位的是自己。因此，游牧民族政权极易产生内乱，叶尔羌汗国中期就是由此衰落。
而且除了这些有关叶尔羌汗国内部的斗争之外，朱载坖关心的还有一个重要的问题，就是叶尔羌汗国的军事力量问题，虽然叶尔羌号称有十万之兵，但是实际上远没有这么多的兵力，经过吴兑等人的多方查探，认为叶尔羌汗国的精兵应在两三万之数，战时动员各个部落兵力，可能有六七万之数，不过他们的兵力可能无法集中到一起，当然官军的兵力也受限于后勤。
朱载坖批准了李成梁的方略，命令进兵玛纳斯，但是朱载坖作为皇帝必须要思考官军下一步的行动，官军是继续北上还是南下，这个问题是很重要的，朱载坖为此专门召见了
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