到朝廷的吏治，是不能有所等待的，朱载坖说道：“天地不仁以万物为刍狗，圣人不仁以百姓为刍狗，朕不能因为这些士子们不能适应，就使得朝廷受到拖累。”
朱载坖任命王世贞为学部尚书，专门负责此事，对于科举予以改革，同时将科举相关的事宜要尽快落实，从最近一次的乡试和会试中就开始推行，朱载坖下达上谕，在头三次的科举中，适当降低难度，但是之后就要恢复难度的，经过改革之后的乡试和会试，虽然八股仍旧占据主要的地位，但是其核心地位已经丧失了，不再具有定去留的性质了。
而三场的地位同样重要，因为根据新的制度，三场中只要有一场不及六分，就要予以淘汰，所以三场同样重要，朱载坖命令王世贞制定科举则例，详细规定科举考试的制度，对于朱载坖的科举改革，很多士子们当然是不干的，因为这样一来，科举的难度成倍增加，原来那种以程文取巧的办法就完全行不通了，甚至有传闻生员们准备罢考以示抗议，不过朱载坖明发上谕，凡是扇惑人心，煽动罢考对抗朝廷的，首犯以谋逆论处，从犯俱发西域军前陷阵，参与者革除功名，永不叙用，以强硬手段对付这些人。
申时行等人上疏求情都被朱载坖予以申斥、罚俸了，朱载坖现在就是要大刀阔斧的推动改革，争取将很多事情在自己这里有个了断，对于常识的出题，由律例馆会同格物院、司农院等衙门一道，务必要考察士子的常识水平，把那些酸儒、腐儒筛选出去。
而对于朱载坖来说，最重要的还是对于军事体制的改革，现在大明在军制上实际是二元体制，即五军都督府领导的都司卫所官军和练兵军务处领导的镇协常备官军，虽然兵部是军政机关，但是实际上的军令机关是两个，即五军都督府和练兵军务处，在地方上也是如此，各都司、行都司、留守司和下属的卫所构成了五军都督府的管理体制，而以提督、总兵等构成了镇协官军的指挥管理体制。
朱载坖一直在思考的事情就是是否应当建立起一个统一的军令机关，方便统一指挥官军，从长远来看，镇协官军是必然会取代卫所的，倒不是说卫所会消失，而是都司卫所的军事职能会越来越低，实际上从朱载坖即位以来的一系列举动上，也说明了卫所的军事职能在逐步降低，尽管现在卫所仍旧是镇协官军军官和士卒的主要来源，但是卫所本身所承担的军事任务已经是越来越
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